Questo è il comando gmx-dyndom che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gmx-dyndom - Interpola ed estrapola le rotazioni della struttura
SINOSSI
gmx dindom [-f [<.pdb>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]]
[-primoangolo ] [-lastrella ] [-nframe ]
[-angolo massimo ] [-trans ] [-testa ]
[-coda ]
DESCRIZIONE
gmx dinamismo si legge a PDB l'output del file da DynDom (http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/). è
legge le coordinate, le coordinate dell'asse di rotazione e un file indice contenente
i domini. Inoltre, prende il primo e l'ultimo atomo del file freccia come comando
argomenti di linea (testa e coda) e infine prende il vettore di traduzione (dato in
file di informazioni DynDom) e l'angolo di rotazione (anche come argomenti della riga di comando). Se l'angolo
determinato da DynDom, si dovrebbe essere in grado di recuperare la seconda struttura utilizzata per
generando l'output DynDom. A causa della limitata accuratezza numerica questo dovrebbe essere
verificato calcolando un RMSD di tutti gli atomi (usando gmx conferma) piuttosto che per confronto di file
(usando diff).
Lo scopo di questo programma è di interpolare ed estrapolare la rotazione come trovata da
DynDom. Di conseguenza strutture non fisiche con legami lunghi o corti, o atomi sovrapposti
può essere prodotto. L'ispezione visiva e la riduzione al minimo dell'energia possono essere necessarie per convalidare
la struttura.
VERSIONI
Opzioni per specificare i file di input:
-f [<.pdb>] (dyndom.pdb)
File banca dati proteine
-n [<.ndx>] (domini.ndx)
File indice
Opzioni per specificare i file di output:
-o [<.xtc/.trr/...>] (ruotato.xtc)
Traiettoria: estasi TRR gro g96 PDB TNG
Altre opzioni:
-primoangolo (0)
Angolo di rotazione rispetto al vettore di rotazione
-lastrella (0)
Angolo di rotazione rispetto al vettore di rotazione
-nframe (11)
Numero di passi sul percorso
-angolo massimo (0)
DymDom ha determinato l'angolo di rotazione rispetto al vettore di rotazione
-trans (0)
Traslazione (Angstrom) lungo il vettore di rotazione (vedi file di informazioni DynDom)
-testa (0 0 0)
Primo atomo del vettore freccia
-coda (0 0 0)
Ultimo atomo del vettore freccia
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