Questo è il comando gmx-dyndom che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre numerose workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online di Windows o emulatore online di MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gmx-dyndom - Interpola ed estrapola le rotazioni della struttura
SINOSSI
gmx dyndom [-f [<.pdb>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]]
[-primoangolo ] [-lasttangle ] [-nframe ]
[-angolo massimo ] [-trans ] [-testa ]
[-coda ]
DESCRIZIONE
gmx dinamo si legge a PDB file di output da DynDom (http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/). è
legge le coordinate, le coordinate dell'asse di rotazione e un file indice contenente
i domini. Inoltre, prende il primo e l'ultimo atomo del file freccia come comando
argomenti di linea (testa e coda) e infine prende il vettore di traduzione (dato in
file di informazioni DynDom) e l'angolo di rotazione (anche come argomenti della riga di comando). Se l'angolo
determinato da DynDom è dato, si dovrebbe essere in grado di recuperare la seconda struttura utilizzata per
generando l'output DynDom. A causa della limitata accuratezza numerica questo dovrebbe essere
verificato calcolando un RMSD di tutti gli atomi (utilizzando gmx conferma) piuttosto che tramite il confronto dei file
(utilizzando diff).
Lo scopo di questo programma è di interpolare ed estrapolare la rotazione come trovata da
DynDom. Di conseguenza, strutture non fisiche con legami lunghi o corti, o atomi sovrapposti
può essere prodotto. L'ispezione visiva e la minimizzazione dell'energia potrebbero essere necessarie per convalidare
la struttura.
VERSIONI
Opzioni per specificare i file di input:
-f [<.pdb>] (dyndom.pdb)
File banca dati proteine
-n [<.ndx>] (domini.ndx)
File indice
Opzioni per specificare i file di output:
-o [<.xtc/.trr/...>] (ruotato.xtc)
Traiettoria: estasi TRR gro g96 PDB TNG
Altre opzioni:
-primoangolo (0)
Angolo di rotazione attorno al vettore di rotazione
-lasttangle (0)
Angolo di rotazione attorno al vettore di rotazione
-nframe (11)
Numero di gradini sul sentiero
-angolo massimo (0)
DymDom ha determinato l'angolo di rotazione attorno al vettore di rotazione
-trans (0)
Traslazione (Angstrom) lungo il vettore di rotazione (vedere il file informativo DynDom)
-testa (0 0 0)
Primo atomo del vettore freccia
-coda (0 0 0)
Ultimo atomo del vettore freccia
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