gmx-filter - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gmx-filter - Traiettorie del filtro di frequenza, utile per realizzare filmati fluidi

SINOSSI

filtro gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ol [<.xtc/.trr/...>]] [-Oh [<.xtc/.trr/...>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-[Ora] [-nf ]
[-[Non tutto] [-[no]nessun salto] [-[non]adatto]

DESCRIZIONE

gmx filtro esegue il filtraggio di frequenza su una traiettoria. La forma del filtro è cos(pi t/A)
+ 1 da -A a +A, dove A è dato dall'opzione -nf volte il passo temporale nell'input
traiettoria. Questo filtro riduce le fluttuazioni con il periodo A dell'85%, con il periodo 2*A del 50%
e con periodo 3*A del 17% per il filtraggio passa basso. Sia un filtro passa-basso che passa-alto
si può scrivere la traiettoria

Opzione -ol scrive una traiettoria filtrata passa-basso. Una cornice è scritta ogni -nf ingresso
cornici. Questo rapporto tra lunghezza del filtro e intervallo di uscita garantisce una buona soppressione di
aliasing del movimento ad alta frequenza, utile per realizzare filmati fluidi. Anche medie
di proprietà che sono lineari nelle coordinate vengono conservate, poiché tutti i frame di input
vengono pesati equamente nell'output. Quando sono necessari tutti i frame, utilizzare il -tutti opzione.

Opzione -Oh scrive una traiettoria filtrata passa-alto. Le coordinate filtrate passa-alto sono
aggiunto alle coordinate dal file della struttura. Quando si utilizza il filtro passa-alto utilizzare -in forma
o assicurati di utilizzare una traiettoria che è stata adattata alle coordinate nella struttura
file.

VERSIONI

Opzioni per specificare i file di input:

-f [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc)
Traiettoria: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Facoltativo)
Struttura+massa (db): tpr gro g96 PDB interruzione

-n [<.ndx>] (indice.ndx) (Facoltativo)
File indice

Opzioni per specificare i file di output:

-ol [<.xtc/.trr/...>] (passabasso.xtc) (Facoltativo)
Traiettoria: estasi TRR gro g96 PDB TNG

-Oh [<.xtc/.trr/...>] (passa-alto.xtc) (Facoltativo)
Traiettoria: estasi TRR gro g96 PDB TNG

Altre opzioni:

-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-DT (0)
Usa frame solo quando t MOD dt = prima volta (ps)

-[Ora (In)
Visualizza output .xvg, .xpm, .eps ed PDB file

-nf (10)
Imposta la lunghezza del filtro e l'intervallo di uscita per il filtraggio passa basso

-[Non tutto (In)
Scrivi tutti i frame filtrati passa-basso

-[no]nessun salto (sì)
Rimuovi i salti di atomi attraverso la scatola

-[non]adatto (In)
Adatta tutti i frame a una struttura di riferimento

Usa gmx-filter online usando i servizi onworks.net