gmx-gangle - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gmx-gangle - Calcola angoli

SINOSSI

gmx banda [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-oav [<.xvg>]] [-tutti [<.xvg>]] [-Oh [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-tu ]
[-xvg ] [-[no]rmbc] [-[no]pc] [-sf ]
[-selrpos ] [-seltipo ] [-g1 ]
[-g2 ] [-binw ] [-gruppo 1 ]
[-gruppo 2 ]

DESCRIZIONE

gmx ganglio calcola diversi tipi di angoli tra i vettori. Supporta entrambi i vettori
definito da due posizioni e normali dei piani definiti da tre posizioni. L'asse z o
la normale locale di una sfera può anche essere usata come uno dei vettori. Ci sono anche
opzioni di convenienza "angolo" e "diedro" per il calcolo degli angoli di legame e dei diedri
definito da tre/quattro posizioni.

Il tipo di angolo è specificato con -g1 e -g2. Se -g1 is angolo or diedro, -g2
non dovrebbe essere specificato. In questo caso, -gruppo 1 dovrebbe specificare una o più selezioni, e
ognuno dovrebbe contenere terzine o quartetti di posizioni che definiscono gli angoli da essere
calcolato.

If -g1 is vettore or piano, -gruppo 1 dovrebbe specificare le selezioni che contengono entrambe le coppie
(vettore) o triplette (piano) di posizioni. Per i vettori, le posizioni impostano gli estremi di
il vettore, e per i piani, le tre posizioni sono usate per calcolare la normale del
aereo. In entrambi i casi, -g2 specifica l'altro vettore da usare (vedi sotto).

Con -g2 vettore or -g2 piano, -gruppo 2 dovrebbe specificare un altro insieme di vettori. -gruppo 1 e
-gruppo 2 dovrebbe specificare lo stesso numero di selezioni. È inoltre consentito avere solo a
selezione singola per una delle opzioni, nel qual caso viene utilizzata la stessa selezione con
ogni selezione nell'altro gruppo. Allo stesso modo, per ogni selezione in -gruppo 1, l'
selezione corrispondente in -gruppo 2 dovrebbe specificare lo stesso numero di vettori o un singolo
vettore. In quest'ultimo caso, l'angolo viene calcolato tra quel singolo vettore e ciascuno
vettore dall'altra selezione.

Con -g2 sfnorma, ogni selezione in -gruppo 2 dovrebbe specificare una singola posizione che è il
centro della sfera. Il secondo vettore è calcolato come il vettore dal centro a
il punto medio delle posizioni specificate da -gruppo 1.

Con -g2 z, -gruppo 2 non è necessario, e gli angoli tra i primi vettori e il
l'asse Z positivo viene calcolato.

Con -g2 t0, -gruppo 2 non è necessario e gli angoli vengono calcolati dai vettori man mano che essi
sono nel primo fotogramma.

Ci sono tre opzioni per l'output: -oav scrive un file xvg con l'ora e la media
angolo per ogni fotogramma. -tutti scrive tutti i singoli angoli. -Oh scrive un istogramma di
gli angoli. La larghezza del cestino può essere impostata con -binw. For -oav e -Oh, separato
la media/istogramma viene calcolata per ogni selezione in -gruppo 1.

VERSIONI

Opzioni per specificare i file di input:

-f [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc) (Facoltativo)
Traiettoria di ingresso o configurazione singola: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Facoltativo)
Struttura dell'input: tpr gro g96 PDB interruzione

-n [<.ndx>] (indice.ndx) (Facoltativo)
Gruppi di indici extra

Opzioni per specificare i file di output:

-oav [<.xvg>] (angaver.xvg) (Facoltativo)
Angoli medi in funzione del tempo

-tutti [<.xvg>] (angoli.xvg) (Facoltativo)
Tutti gli angoli in funzione del tempo

-Oh [<.xvg>] (angist.xvg) (Facoltativo)
Istogramma degli angoli

Altre opzioni:

-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-DT (0)
Usa frame solo se t MOD dt == prima volta (ps)

-tu (Ps)
Unità per i valori temporali: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (xmgrace)
Formattazione della trama: nessuno, xmgrace, xmgr

-[no]rmbc (sì)
Crea molecole intere per ogni fotogramma

-[no]pc (sì)
Utilizzare condizioni al contorno periodiche per il calcolo della distanza

-sf
Fornire selezioni dai file

-selrpos (atomo)
Posizioni di riferimento per la selezione: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
intere_res_com, intere_res_cog, intere_mol_com, intere_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-seltipo (atomo)
Posizioni di uscita di selezione predefinite: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
intere_res_com, intere_res_cog, intere_mol_com, intere_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-g1 (angolo)
Tipo di analisi/primo gruppo di vettori: angolo, diedro, vettore, piano

-g2 (Nessuno)
Tipo del secondo gruppo di vettori: nessuno, vettore, piano, t0, z, sphnorm

-binw (1)
Binwidth per -oh in gradi

-gruppo 1
Prima analisi/selezione del vettore

-gruppo 2
Seconda analisi/selezione del vettore

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