gmx-insert-molecules - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gmx-insert-molecules - Inserimento di molecole in posti vacanti existing

SINOSSI

gmx inserto-molecole [-f [<.gro/.g96/...>]] [-Questo [<.gro/.g96/...>]]
[-ip [<.dat>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-scatola ]
[-nmol ] [-Tentativo ] [semi ]
[-raggio ] [-scala ] [-dott ]
[-marcire ]

DESCRIZIONE

gmx inserire-molecole Inserti -nmol copie del sistema specificato nel -Questo file di input.
Le inserzioni avvengono o nello spazio vacante nella conformazione del soluto data con
-f, o in una casella vuota data da -scatola. Specificando entrambi -f ed -scatola si comporta come -f, ma
posiziona una nuova scatola attorno al soluto prima degli inserimenti. Tutte le velocità presenti sono
scartato.

Per impostazione predefinita, le posizioni di inserimento sono casuali (con il seme iniziale specificato da semi). Il
programma itera fino a -nmol molecole sono state inserite nella scatola. Le molecole non lo sono
inserito dove la distanza tra qualsiasi atomo esistente e qualsiasi atomo dell'inserito
molecola è inferiore alla somma basata sui raggi di van der Waals di entrambi gli atomi. Un database
(vdwradii.dat) dei raggi di van der Waals viene letto dal programma e i raggi risultanti
ridimensionato da -scala. Se i raggi non vengono trovati nel database, a quegli atomi viene assegnato il
distanza (pre-ridimensionata) -raggio.

Un totale di -nmol * -Tentativo si fanno tentativi di inserimento prima di arrendersi. Aumento -Tentativo se tu
hanno diversi piccoli buchi da riempire. Opzione -marcire specifica se le molecole di inserzione
sono orientati casualmente prima dei tentativi di inserimento.

In alternativa, le molecole possono essere inserite solo in posizioni definite in position.dat
(-ip). Quel file dovrebbe avere 3 colonne (x,y,z), che danno gli spostamenti rispetto a
la posizione della molecola in ingresso (-Questo). Quindi, se quel file dovesse contenere l'assoluto
posizioni, la molecola deve essere centrata su (0,0,0) prima dell'uso gmx inserire-molecole
(ad es. da gmx modifica conf -centro). I commenti in quel file che iniziano con # vengono ignorati.
Opzione -dott definisce gli spostamenti massimi consentiti durante le prove inserzionali. -Tentativo ed
-marcire funzionano come nella modalità predefinita (vedi sopra).

VERSIONI

Opzioni per specificare i file di input:

-f [<.gro/.g96/...>] (proteina.gro) (Facoltativo)
Configurazione esistente da inserire in: gro g96 PDB brk ent esp tpr

-Questo [<.gro/.g96/...>] (inserire.gro)
Configurazione da inserire: gro g96 PDB brk ent esp tpr

-ip [<.dat>] (posizioni.dat) (Facoltativo)
Posizioni di prova di inserimento predefinite

Opzioni per specificare i file di output:

-o [<.gro/.g96/...>] (fuori.gro)
Configurazione uscita dopo l'inserimento: gro g96 PDB brk ent esp

Altre opzioni:

-scatola (0 0 0)
Dimensioni della scatola (in nm)

-nmol (0)
Numero di molecole extra da inserire

-Tentativo (10)
Prova a inserire -nmol volte -Tentativo volte

semi (1997)
Seme generatore casuale

-raggio (0.105)
Distanza di van der Waals predefinita

-scala (0.57)
Fattore di scala per moltiplicare i raggi di Van der Waals dal database in
condividi/gromacs/top/vdwradii.dat. Il valore predefinito di 0.57 produce una densità vicina a
1000 g/l per le proteine ​​in acqua.

-dott (0 0 0)
Spostamento consentito in x/y/z dalle posizioni in -ip filetto

-marcire
Ruota le molecole inserite casualmente: xyz, z, none

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