Questo è il comando gmx-saxs che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gmx-saxs - Calcola spettri di diffusione di raggi X a piccoli angoli
SINOSSI
sax gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-d [<.dat>]] [-q [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-xvg ] [-ng ] [-startq ]
[-endq ] [-energia ]
DESCRIZIONE
gmx sax calcola i fattori di struttura SAXS per determinati gruppi di indici basati su Cromer's
metodo. Sono richiesti sia i file di topologia che di traiettoria.
VERSIONI
Opzioni per specificare i file di input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc)
Traiettoria: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struttura+massa (db): tpr gro g96 PDB interruzione
-n [<.ndx>] (indice.ndx) (Facoltativo)
File indice
-d [<.dat>] (sfactor.dat) (Facoltativo)
File di dati generici
Opzioni per specificare i file di output:
-q [<.xvg>] (mq.xvg)
file xvgr/xmgr
Altre opzioni:
-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria
-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria
-DT (0)
Usa frame solo quando t MOD dt = prima volta (ps)
-xvg
formattazione della trama xvg: xmgrace, xmgr, none
-ng (1)
Numero di gruppi da calcolare SAXS
-startq (0)
A partire da q (1/nm)
-endq (60)
Finale q (1/nm)
-energia (12)
Energia dei raggi X in arrivo (keV)
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