gmx-spol - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gmx-spol - Analizza l'orientamento del dipolo del solvente e la polarizzazione attorno ai soluti

SINOSSI

gmx spol [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-DT ] [-[Ora]
[-xvg ] [-[no] com] [-rifiutare ] [-min ]
[-rmax ] [-immersione ] [peso- ]

DESCRIZIONE

gmx genere analizza i dipoli attorno a un soluto; è particolarmente utile per l'acqua polarizzabile.
Un gruppo di atomi di riferimento o un riferimento del centro di massa (opzione -COM) e un gruppo di
atomi di solvente è richiesto. Il programma divide il gruppo di atomi di solvente in molecole.
Per ogni molecola di solvente la distanza dall'atomo più vicino nel gruppo di riferimento o dalla
COM è determinato. Viene tracciata una distribuzione cumulativa di queste distanze. Per ciascuno
distanza tra -min ed -rmax il prodotto interno del vettore distanza e il dipolo
della molecola di solvente è determinata. Per molecole di solvente con carica netta (ioni), il
la carica netta dello ione viene sottratta uniformemente da tutti gli atomi nella selezione di ogni ione.
Viene stampata la media di questi componenti dipolo. Lo stesso è fatto per la polarizzazione,
dove il dipolo medio viene sottratto dal dipolo istantaneo. La grandezza del
il dipolo medio è impostato con l'opzione -immersione, la direzione è definita dal vettore da
il primo atomo nel gruppo di solventi selezionato al punto medio tra il secondo e il
terzo atomo.

VERSIONI

Opzioni per specificare i file di input:

-f [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc)
Traiettoria: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
File di input per eseguire xdr portatile

-n [<.ndx>] (indice.ndx) (Facoltativo)
File indice

Opzioni per specificare i file di output:

-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
file xvgr/xmgr

Altre opzioni:

-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-DT (0)
Usa frame solo quando t MOD dt = prima volta (ps)

-[Ora (In)
Visualizza output .xvg, .xpm, .eps ed PDB file

-xvg
formattazione della trama xvg: xmgrace, xmgr, none

-[no] com (In)
Usa il baricentro come posizione di riferimento

-rifiutare (1)
L'atomo di riferimento della molecola del solvente

-min (0)
Distanza massima (nm)

-rmax (0.32)
Distanza massima (nm)

-immersione (0)
Il dipolo medio (D)

peso- (0.01)
La larghezza del cestino

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