gmx-tcaf - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gmx-tcaf - Calcola le viscosità dei liquidi

SINOSSI

gmx tcaf [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-oh [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-Di [<.xvg>]]
[-oc [<.xvg>]] [-Ov [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[Ora] [-xvg ] [-[no]mol] [-[no]k34]
[-peso ] [-aflen ] [-[no]normalizzare] [-P ]
[-fitfn ] [-inizio ] [-endfit ]

DESCRIZIONE

gmx tcaf calcola le autocorrelazioni delle correnti trasversali. Questi sono usati per stimare il
viscosità di taglio, eta. Per i dettagli vedere: Palmer, Phys. Rev. E 49 (1994) pp 359-366.

Le correnti trasversali sono calcolate utilizzando i k-vettori (1,0,0) e (2,0,0) ciascuno anche in
, il y- E z-direzione, (1,1,0) e (1,-1,0) ciascuno anche negli altri 2 piani (questi
vettori non sono indipendenti) e (1,1,1) e le altre 3 diagonali box (anche non
indipendente). Per ogni k-vettore vengono utilizzati il ​​seno e il coseno, in combinazione con il
velocità in 2 direzioni perpendicolari. Questo dà un totale di 16*2*2=64 trasversali
correnti. Viene calcolata un'autocorrelazione adattata per ogni k-vettore, che dà 16
TCAF. Ciascuno di questi TCAF è adattato a f(t) = exp(-v)(cosh(Wv) + 1/W sinh(Wv)), v = -t/(2
tau), W = sqrt(1 - 4 tau eta/rho k^2), che fornisce 16 valori di tau ed eta. La vestibilità
i pesi decadono esponenzialmente con la costante di tempo w (dato con -peso) come exp(-t/w), e il
TCAF e fit sono calcolati fino al tempo 5*w. I valori eta devono essere adattati a 1 - a
eta(k) k^2, da cui si può stimare la viscosità di taglio a k=0.

Quando la scatola è cubica, si può usare l'opzione -oc, che fa la media dei TCAF su tutti
k-vettori con la stessa lunghezza. Ciò si traduce in TCAF più accurati. Entrambi i cubici
TCAF e fit sono scritti su -oc Anche le stime dell'eta cubico sono scritte in -Ov.

Con l'opzione -mol, la corrente trasversale è determinata dalle molecole invece che dagli atomi. In
in questo caso, il gruppo indice dovrebbe consistere di numeri di molecole anziché di numeri di atomi.

Le viscosità dipendenti da k nel -Ov il file dovrebbe essere adattato a eta(k) = eta_0 (1 - ak^2)
per ottenere la viscosità a lunghezza d'onda infinita.

Nota: assicurati di scrivere coordinate e velocità abbastanza spesso. L'iniziale,
non esponenziale, parte della funzione di autocorrelazione è molto importante per ottenere a
buona vestibilità.

VERSIONI

Opzioni per specificare i file di input:

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
Traiettoria di precisione completa: TRR cpt TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Facoltativo)
Struttura+massa (db): tpr gro g96 PDB interruzione

-n [<.ndx>] (indice.ndx) (Facoltativo)
File indice

Opzioni per specificare i file di output:

-o [<.xvg>] (transcur.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-oh [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
file xvgr/xmgr

-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
file xvgr/xmgr

-Di [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
file xvgr/xmgr

-oc [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-Ov [<.xvg>] (visc_k.xvg)
file xvgr/xmgr

Altre opzioni:

-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-DT (0)
Usa frame solo quando t MOD dt = prima volta (ps)

-[Ora (In)
Visualizza output .xvg, .xpm, .eps ed PDB file

-xvg
formattazione della trama xvg: xmgrace, xmgr, none

-[no]mol (In)
Calcola il TCAF delle molecole

-[no]k34 (In)
Utilizzare anche k=(3,0,0) e k=(4,0,0)

-peso (5)
Tempo di decadimento esponenziale per i pesi di adattamento TCAF

-aflen (-1)
La lunghezza dell'ACF, l'impostazione predefinita è la metà del numero di fotogrammi

-[no]normalizzare (sì)
Normalizza ACF

-P (0)
Polinomio dell'ordine di Legendre per ACF (0 indica nessuno): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Nessuno)
Funzione di adattamento: nessuno, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-inizio (0)
Ora in cui iniziare l'adattamento esponenziale della funzione di correlazione

-endfit (-1)
Tempo in cui termina l'adattamento esponenziale della funzione di correlazione, -1 è fino a che
fine

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