gtf2gff3p - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gtf2gff3 - Converte i file formattati GTF in file GFF3 validi

VERSIONE

Questo documento descrive la versione 0.1

SINOSSI

gtf2gff3 --cfg gtf2gff3_MY_CONFIG.cfg gtf_file > gff3_file

DESCRIZIONE

Questo script convertirà i file formattati GTF in file formattati GFF3 validi. mapperà
il valore nella colonna 3 (colonna \"tipo\") a SO valido, ma perché molti termini non standard
può apparire in quella colonna nei file GTF, puoi modificare il file di configurazione per fornire il tuo
Funzionalità GTF per mappatura SO. Lo script costruirà anche modelli genetici da esoni, CDS e
altre caratteristiche fornite nel file GTF. Attualmente è testato su Ensemble e Twinscan
GTF e dovrebbe funzionare su qualsiasi altro file che segue le stesse specifiche. lo fa
non funziona su GTF dal browser della tabella UCSC perché quei file usano lo stesso ID per gene
e trascrizione, quindi è impossibile raggruppare più trascrizioni in un gene. Vedi il
README fornito con lo script per maggiori informazioni.

OPZIONI:

--cfg
Fornisci il nome file per un file di configurazione. Vedere il file di configurazione fornito con questo
script per i dettagli del formato. Usa questo file di configurazione per modificare il comportamento del
sceneggiatura. Se non viene fornito alcun file di configurazione, cerca ./gtf2gff3.cfg, ~/gtf2gff3.cfg or
/etc/gtf2gff3.cfg in questo ordine.

--Aiuto
Fornire un messaggio di aiuto dettagliato sullo stile della pagina man e quindi uscire.

DIAGNOSTICA

"ERRORE: attributi mancanti o non standard: parse_attributes"
Una riga nel file GTF non aveva alcun attributo o la sua colonna degli attributi era
non analizzabile.

"ERRORE: la funzione del gene non trascritto non è supportata. Contatta l'autore per assistenza:
build_gene"
Questo avviso indica che una riga è stata saltata perché conteneva una non trascrizione
caratteristica genetica e il codice non è attualmente attrezzato per gestire questo tipo di caratteristica.
Questo probabilmente non è troppo difficile da aggiungere, quindi contattami se ricevi questo errore e lo faresti
piace avere queste funzionalità supportate.

"ERRORE: devi avere almeno esoni o CDS per creare una trascrizione: build_trnsc"
Alcune funzionalità avevano un transcript_id e tuttavia non c'erano esoni o CDS associati
quel transcript_id in modo che lo script non sia riuscito a creare una trascrizione.

"ERRORE: conflitto seq_id: validate_and_finish_trnsc"
Trovate due funzionalità all'interno della stessa trascrizione che non condividevano lo stesso seq_id.

"ERRORE: conflitto di origine: validate_and_finish_trnsc"
Sono state trovate due funzionalità all'interno della stessa trascrizione che non condividevano la stessa fonte.

"ERRORE: conflitto di tipo: validate_and_finish_trnsc"
Sono state trovate due funzionalità all'interno della stessa trascrizione che avrebbero dovuto condividere la stessa
tipo e tuttavia non l'hanno fatto.

"ERRORE: conflitto tra i filamenti: validate_and_finish_trnsc"
Trovate due caratteristiche all'interno della stessa trascrizione che non condividevano lo stesso filone.

"ERRORE: conflitto seq_id: validate_and_build_gene"
Trovate due caratteristiche all'interno dello stesso gene che non condividevano lo stesso seq_id.

"ERRORE: conflitto di origine: validate_and_build_gene"
Trovate due caratteristiche all'interno dello stesso gene che non condividevano la stessa fonte.

"ERRORE: conflitto tra i filamenti: validate_and_build_gene"
Trovate due caratteristiche all'interno dello stesso gene che non condividevano lo stesso filamento.

"ERRORE: conflitto gene_id: validate_and_build_gene"
Trovate due caratteristiche all'interno dello stesso gene che non condividevano lo stesso gene_id.

"FATAL: impossibile aprire il file GTF: nome_file per la lettura."
Impossibile aprire il file GTF per la lettura.

"FATAL: servono esoni o CDS per creare trascrizioni: process_start"
Una funzione start_codon è stata annotata e tuttavia non c'erano esoni o CDS associati
con quel transcript_id quindi lo script non è riuscito.

"FATAL: codice non testato in process_start. Contatta l'autore per assistenza."
Lo script è scritto per dedurre un codone di inizio basato sulla presenza di un 5' UTR, ma noi
non avevamo esempi di GTF di questo tipo quando abbiamo scritto il codice, quindi abbiamo ucciso piuttosto il processo
piuttosto che eseguire codice non testato. Contatta l'autore per assistenza.

"FATAL: set di funzioni non valido: process_start"
Abbiamo cercato di considerare tutti i modi possibili per dedurre un codone di inizio o per dedurre un non-
gene codificante, eppure abbiamo fallito. La tua combinazione di caratteristiche genetiche non rende
senso per noi. Non dovresti mai ricevere questo errore e, se lo fai, ci piacerebbe davvero vedere
il file GTF che lo ha generato. Si prega di contattare l'autore per il supporto.

"FATAL: servono esoni o CDS per creare trascrizioni: process_stop"
Una funzione stop_codon è stata annotata e tuttavia non c'erano esoni o CDS associati
quel transcript_id quindi lo script non è riuscito.

"FATAL: codice non testato in process_stop. Contatta l'autore per assistenza."
Lo script è scritto per dedurre un codone di stop basato sulla presenza di un 3' UTR, ma noi
non avevamo esempi di GTF di questo tipo quando abbiamo scritto il codice, quindi abbiamo ucciso piuttosto il processo
piuttosto che eseguire codice non testato. Contatta l'autore per assistenza.

"FATAL: set di funzioni non valido: process_stop"
Abbiamo cercato di considerare tutti i possibili modi di inferire un codone di stop o di inferire aa non-
gene codificante, eppure abbiamo fallito. La tua combinazione di caratteristiche genetiche non rende
senso per noi. Non dovresti mai ricevere questo errore e, se lo fai, ci piacerebbe davvero vedere
il file GTF che lo ha generato. Si prega di contattare l'autore per il supporto.

"FATAL: set di funzioni non valido: process_exon_CDS_UTR"
Abbiamo cercato di considerare tutti i possibili modi di inferire esoni, CDS e UTR e tuttavia abbiamo
fallito. La tua combinazione di caratteristiche genetiche non ha senso per noi. Tu veramente
dovrebbe mai ricevere questo errore e, se lo fai, ci piacerebbe davvero vedere il file GTF che
lo ha generato. Si prega di contattare l'autore per il supporto.

"FATAL: riferimento all'array richiesto: sort_features."
Un utente non dovrebbe essere in grado di attivare questo errore. Quasi certamente indica a
bug del software. Si prega di contattare l'autore.

"FATAL: impossibile determinare strand in: sort_feature_types."
Questo potrebbe indicare che il tuo file GTF non indica il filo per le caratteristiche che
richiederlo. Potrebbe anche indicare un bug del software. Si prega di contattare l'autore.

"FATAL: riferimento hash richiesto: sort_feature_types."
Un utente non dovrebbe essere in grado di attivare questo errore. Quasi certamente indica a
bug del software. Si prega di contattare l'autore.

"FATAL: valore non valido passato a strand: strand."
Questo potrebbe indicare che il tuo file GTF non indica il filo per le caratteristiche che
richiederlo. Considerare l'utilizzo del parametro DEFAULT_STRAND nel file di configurazione. Esso può
indicare anche un bug del software. Si prega di contattare l'autore.

CONFIGURAZIONE E AMBIENTE

Con questo script viene fornito un file di configurazione. Lo script lo cercherà
file di configurazione in ./gtf2gff3.cfg, ~/gtf2gff3.cfg o /etc/gtf2gff3.cfg in questo ordine.
Se il file di configurazione non si trova in una di queste posizioni e non ne viene fornito uno
tramite il flag --cfg proverà a scegliere alcuni valori predefiniti sani, ma dovresti davvero fornire
il file di configurazione. Vedi lo stesso file di configurazione fornito e il README
fornito con questo pacchetto per il formato e i dettagli sul file di configurazione.

DIPENDENZE

Questo script richiede i seguenti pacchetti perl che sono disponibili da CPAN
(www.cpan.org).

Getopt::Lungo; usa Config::Std;

INCOMPATIBILITÀ

Nessuno riportato.

Usa gtf2gff3p online utilizzando i servizi onworks.net