hmm2search - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

hmm2search - cerca in un database di sequenze con un profilo HMM

SINOSSI

hmm2ricerca [opzioni] mmfile file seq

DESCRIZIONE

hmm2ricerca legge un HMM da mmfile e ricerche file seq per significativamente simile
corrispondenze in sequenza.

file seq verrà cercato prima nella directory di lavoro corrente, poi in una directory
chiamato dalla variabile d'ambiente BLAST DB. Ciò consente agli utenti di utilizzare i database BLAST esistenti,
se BLAST è stato configurato per il sito.

hmm2ricerca l'esecuzione potrebbe richiedere minuti o addirittura ore, a seconda delle dimensioni della sequenza
Banca dati. È una buona idea reindirizzare l'output su un file.

L'output è composto da quattro sezioni: una graduatoria delle migliori sequenze di punteggio, a
elenco classificato dei migliori domini con punteggio, allineamenti per tutti i migliori domini con punteggio e
un istogramma dei punteggi. Un punteggio di sequenza può essere superiore a un punteggio di dominio per il
stessa sequenza se c'è più di un dominio nella sequenza; la partitura della sequenza prende
conto di tutti i domini. Tutte le sequenze con punteggio superiore a -E ed -T vengono mostrati i tagli
nella prima lista, poi ogni il dominio trovato in questo elenco è mostrato nel secondo elenco di
hit di dominio. Se lo si desidera, le soglie del valore E e del punteggio in bit possono essere applicate anche al
elenco di domini utilizzando il --cupola ed --domT opzioni.

VERSIONI

-h Stampa breve guida; include il numero di versione e il riepilogo di tutte le opzioni, incluso
opzioni per esperti.

-A Limita l'uscita di allineamento a domini con punteggio migliore. -A0 spegne il file
output di allineamento e può essere utilizzato per ridurre la dimensione dei file di output.

-E Imposta il limite del valore E per l'elenco dei risultati classificati per sequenza su , where è un
numero reale positivo. Il valore predefinito è 10.0. Colpi con valori E migliori di (meno
di) verrà mostrata questa soglia.

-T Imposta il limite del punteggio di bit per l'elenco dei risultati classificati per sequenza su , where is
un numero reale. Il valore predefinito è infinito negativo; per impostazione predefinita, la soglia è
controllato da E-value e non da bit score. Colpisce con punteggi migliori di
(maggiore di) verrà mostrata questa soglia.

-Z Calcola i punteggi del valore E come se avessimo visto un database di sequenze di
sequenze. Il valore predefinito è il numero di sequenze visualizzate nel file del database
.

EXPERT VERSIONI

--comp
Utilizzare il formato di output di HMMER 2.1.1, la versione pubblica 1998-2001; purché così
2.1.1 i parser non devono essere riscritti.

--processore
Imposta il numero massimo di CPU su cui verrà eseguito il programma. L'impostazione predefinita è utilizzare
tutte le CPU della macchina. Sostituisce la variabile di ambiente HMMER_NCPU. Soltanto
influisce sulle versioni con thread di HMMER (l'impostazione predefinita sulla maggior parte dei sistemi).

--cut_ga
Utilizzare i cutoff del punteggio Pfam GA (soglia di raccolta). Equivalente a --globT
--domT , ma i cutoff GA2 e GA1 vengono letti dal file HMM. hmm2build
mette questi tagli lì se il file di allineamento è stato annotato in un Pfam-friendly
formato di allineamento (formato esteso SELEX o Stockholm) e il GA . opzionale
era presente la riga di annotazione. Se questi cutoff non sono impostati nel file HMM, --cut_ga
non funziona.

--cut_tc
Utilizzare i cutoff del punteggio Pfam TC (trusted cutoff). Equivalente a --globT --domT
, ma i cutoff TC2 e TC1 vengono letti dal file HMM. hmm2build mette questi
cutoff lì se il file di allineamento è stato annotato in un allineamento compatibile con Pfam
formato (formato esteso SELEX o Stoccolma) e la riga di annotazione TC facoltativa era
regalo. Se questi cutoff non sono impostati nel file HMM, --cut_tc non funziona.

--cut_nc
Utilizzare i tagli di punteggio Pfam NC (riduzione del rumore). Equivalente a --globT --domT ,
ma i cutoff NC1 e NC2 vengono letti dal file HMM. hmm2build mette questi
cutoff lì se il file di allineamento è stato annotato in un allineamento compatibile con Pfam
(formato esteso SELEX o Stockholm) e la riga di annotazione NC opzionale era
regalo. Se questi cutoff non sono impostati nel file HMM, --cut_nc non funziona.

--cupola
Imposta il limite del valore E per l'elenco dei risultati classificati per dominio su , where è un
numero reale positivo. L'impostazione predefinita è infinito; per impostazione predefinita, tutti i domini nel
le sequenze che hanno superato la prima soglia verranno riportate nella seconda lista, quindi
che il numero di domini riportati nell'elenco per sequenza è coerente con il
numero che appare nell'elenco per dominio.

--domT
Imposta il limite del punteggio in bit per l'elenco dei risultati classificati per dominio su , where è un
numero reale. Il valore predefinito è infinito negativo; per impostazione predefinita, tutti i domini nel
le sequenze che hanno superato la prima soglia verranno riportate nella seconda lista, quindi
che il numero di domini riportati nell'elenco per sequenza è coerente con il
numero che appare nell'elenco per dominio. Consigli Nota: solo un dominio in a
sequenza è assolutamente controllata da questo parametro, o da --domT. Il secondo e
i domini successivi in ​​una sequenza hanno di fatto una soglia del punteggio di bit pari a 0 perché
dei dettagli su come funziona HMMER. HMMER richiede almeno un passaggio attraverso il
modello principale per sequenza; fare più di un passaggio (più di un dominio) il
l'allineamento multidominio deve avere un punteggio migliore rispetto all'allineamento a dominio singolo,
e quindi i domini extra devono contribuire con un punteggio positivo. Consulta la Guida per l'utente
per maggiori dettagli.

--inoltrare
Utilizzare l'algoritmo Forward invece dell'algoritmo di Viterbi per determinare il per-
punteggi di sequenza I punteggi per dominio sono ancora determinati dall'algoritmo di Viterbi.
Alcuni hanno sostenuto che Forward sia un algoritmo più sensibile per il rilevamento remoto
omologhi di sequenza; i miei esperimenti con HMMER non lo hanno confermato, tuttavia.

--informati
Affermare che l'input file seq è in formato ; non eseguire il formato Babelfish
autodefinizione. Ciò aumenta in qualche modo l'affidabilità del programma, perché il
Babelfish può commettere errori; particolarmente indicato per incustoditi, ad alta
esecuzioni di rendimento di HMMER. Le stringhe di formato valide includono FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, STOCCOLMA, SELEX, MSF, CLUSTAL e PHYLIP. Vedere la Guida per l'utente per a
elenco completo.

--null2
Disattiva il secondo modello null post hoc. Per impostazione predefinita, ogni allineamento viene ricalcolato da
una fase di post-elaborazione che tenga conto della possibile composizione distorta in entrambi
l'HMM o la sequenza di destinazione. Questo è quasi essenziale nelle ricerche di database,
soprattutto con modelli di allineamento locale. C'è una piccola possibilità che questo
la post-elaborazione potrebbe rimuovere le corrispondenze reali e in questi casi --null2 può migliorare
sensibilità a spese della riduzione della specificità lasciando una composizione distorta
colpisce attraverso.

--pvm Esegui su una macchina virtuale parallela (PVM). Il PVM deve essere già in esecuzione. Il
programma client hmm2search-pvm deve essere installato su tutti i nodi PVM. PVM opzionale
il supporto deve essere stato compilato in HMMER.

--xnu Attiva il filtraggio XNU delle sequenze proteiche target. Non ha effetto sull'acido nucleico
sequenze. Negli esperimenti di prova, --xnu sembra funzionare meno bene del
modello null2 post hoc predefinito.

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