Questo è il comando hmmlogo che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
hmmlogo - dato un HMM, produce i dati necessari per costruire un logo HMM
SINOSSI
hmmlogo [opzioni]
DESCRIZIONE
hmmlogo calcola l'altezza delle lettere e i parametri indel che possono essere utilizzati per produrre un profilo
Logo HMM. Questo strumento è essenzialmente un'interfaccia a riga di comando per gran parte dei dati
sottostante al server del logo Skylign (skylign.org).
Per impostazione predefinita, hmmlogo stampa una tabella delle altezze delle lettere per posizione (dipende dal
metodo dell'altezza richiesta), quindi stampa una tabella delle probabilità di gap per posizione.
In un tipico logo, l'altezza totale di una pila di lettere per una posizione dipende dal
contenuto informativo della posizione, e che l'altezza della pila è suddivisa in base al
probabilità di emissione delle lettere dell'alfabeto.
VERSIONI
-h Aiuto; stampa un breve promemoria dell'utilizzo della riga di comando e di tutte le opzioni disponibili.
--height_relent_all
Altezza totale = entropia relativa (ovvero contenuto informativo); tutte le lettere sono date a
altezza positiva. (predefinito)
--height_relent_abovebg
Altezza totale = entropia relativa (ovvero contenuto informativo); solo lettere con sopra-
probabilità di fondo sono dati altezza positiva.
--punteggio_altezza
Altezza totale = somma dei punteggi delle lettere con punteggio positivo; l'altezza della lettera dipende da
il punteggio di quella lettera in quella posizione. Solo lettere con sfondo sopra
probabilità (punteggio positivo) viene data un'altezza positiva. (Nota che solo la lettera
l'altezza è significativa - l'altezza della pila non ha un significato intrinseco).
--no_indel
Non stampare la tabella delle probabilità indel.
Usa hmmlogo online utilizzando i servizi onworks.net
