Questo è il comando ilink che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
ilink - Procedura di ottimizzazione GEMINI per trovare un valore localmente ottimo del vettore theta
di frazioni di ricombinazione
SINOSSI
iLink [Opzioni] ipedfile.dat pedfile.dat
DESCRIZIONE
Questa pagina di manuale documenta brevemente il iLink comando. In effetti questa è una intenzione molto cruda
fornire una manpage perché la distribuzione Debian GNU/Linux richiede che ogni programma
avere una manpage. Qualsiasi miglioramento sarebbe molto apprezzato.
iLink è parte del collegamento veloce pacchetto software.
ILINK utilizza la procedura di ottimizzazione GEMINI per trovare un valore localmente ottimale del theta
vettore di frazioni di ricombinazione. Se usi gli script predefiniti prodotti da lcp, il tuo
l'ipotesi iniziale per theta è 1 in ogni dimensione. GEMELLI valuta ogni theta in base al suo
verosimiglianza, cercando di trovare vettori theta che abbiano una maggiore probabilità di pedigree.
La procedura GEMINI ha più iterazioni. Ogni iterazione corrisponde a una riga di
produzione. Ogni iterazione include più valutazioni della funzione di verosimiglianza. ogni iterazione
ha due fasi. Nella fase I GEMELLI cerca di migliorare l'attuale migliore theta. Nella Fase II,
GEMELLI stima il gradiente di verosimiglianza rispetto all'attuale miglior theta
vettore. Nella prima iterazione, la Fase I valuta solo la verosimiglianza all'inizio
candidato theta.
Quando ILINK stampa una riga come: maxcensor può essere ridotto a -32767, è stata completata
la prima valutazione della funzione di verosimiglianza. Sulle lunghe percorrenze, questo fatto può essere utilizzato per stimare
tempo di esecuzione. Una stima approssimativa ragionevole per il numero di valutazioni di funzione è
10*(numero di dimensioni del vettore theta). Il numero di dimensioni del vettore theta è
uno in meno rispetto al numero di loci nella maggior parte dei casi. Se maletheta e femaletheta sono consentiti
differire (sexdif è impostato su 1), quindi il numero di dimensioni raddoppia a 2 * (numero di
luoghi - 1). Anche la stima di altri parametri (con fitmodel impostato su true) può aumentare il
numero di dimensioni.
Per saperne di più su iLink potrebbe essere utile leggere il file
/usr/share/doc/fastlink/README.ILINK se hai un sistema Debian GNU/Linux.
VERSIONI
Potrebbero esserci delle opzioni ma non ho trovato alcuna informazione su di esse. Si prega di anticipare
qualsiasi informazione su di loro a[email protected]>
Usa ilink online utilizzando i servizi onworks.net
