ipcress - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

ipcress - Sistema di simulazione di esperimenti PCR in silico

SINOSSI

irriverente [ Opzioni ] <primer file> <sequenza percorsi>

DESCRIZIONE

irriverente Europe è In-silicio PCR Eesperimento Simulazione Ssistema.

Questo è uno strumento per la simulazione di esperimenti di PCR. Fornisci un file contenente i primer
e una serie di sequenze e prevede i prodotti della PCR.

Ipcress è simile al programma e-PCR dell'NCBI, ma è molto più veloce e non
soffre di problemi nell'identificare le corrispondenze quando ci sono simboli di ambiguità vicino al primer
estremità.

Se fornisci molte coppie di primer insieme, ipcress simulerà gli esperimenti PCR in
parallelo, consentendo la simulazione dell'intero genoma di un gran numero di esperimenti. ne usa molti
biblioteche del scagionare strumento di confronto di sequenze.

INGRESSO FORMATO

L'input per ipcress è un semplice file delimitato da spazi che descrive un esperimento per
linea. Ogni riga contiene i seguenti 5 campi:

id Un identificatore per questo esperimento
primer_A Sequenza per il primo primer
primer_B Sequenza per il secondo primer
min_prodotto_len Lunghezza minima del prodotto da segnalare
max_prodotto_len Lunghezza massima del prodotto da segnalare

Ecco una riga di esempio in questo formato:

ID0001 CATGCATGCATGC CGATGCANGCATGCT 900 1100

USCITA FORMATO

Il formato di output descrive un prodotto PCR per linea,
ed è preceduto da "ipcress:", seguito dai seguenti 11 campi:

ID_sequenza L'identificatore di sequenza
id_esperimento L'identificazione dell'esperimento PCR
lunghezza_prodotto La lunghezza del prodotto PCR
primer_5 Il primer 5' (A o B)
pos_5 Posizione del primer 5'
mancata corrispondenza_5 Numero di mismatch su primer 5'
primer_3 |
pos_3 | Stessi campi per il primer 3'
mancata corrispondenza_3 |
descrizione Una descrizione del prodotto PCR

Il campo descrizione è una delle seguenti 4 stringhe:

inoltrare Prodotto normale, primer A seguito da B
revcomp Prodotto normale, primer B seguito da A
singolo_A Prodotto scadente generato solo da primer_A
singolo_B Prodotto scadente generato solo da primer_B

Viene visualizzato anche un output leggibile dall'uomo, non progettato per l'analisi (vedi:
--abbastanza sotto).

GENERALE VERSIONI

La maggior parte degli argomenti ha forme brevi e lunghe. Le forme lunghe
hanno maggiori probabilità di essere stabili nel tempo e quindi dovrebbero essere utilizzati in script che
chiama ipcres.

-h | --Shorthelp
Mostra aiuto. Verrà visualizzato un riassunto conciso delle opzioni disponibili, impostazioni predefinite
e valori attualmente impostati.

--Aiuto
Questo mostra tutte le opzioni di aiuto incluse le impostazioni predefinite, il valore attualmente impostato,
e la variabile d'ambiente che può essere utilizzata per impostare ciascun parametro. Ci sarà
essere un'indicazione di quali opzioni sono obbligatorie. Le opzioni obbligatorie non hanno
default e deve avere un valore fornito per l'esecuzione di ipcress. Se opzioni obbligatorie
sono usati in ordine, i loro flag possono essere saltati dalla riga di comando (vedi esempi
sotto). A differenza di questa pagina man, le informazioni da questa opzione saranno sempre attive
aggiornati con l'ultima versione del programma.

-v | --versione
Visualizza il numero di versione. Visualizza anche altre informazioni come la data di costruzione
e versione glib utilizzata.

RISORSE INGRESSO VERSIONI

-i | --ingresso
Dati dell'esperimento PCR nel formato file ipcress descritto sopra.

-s | --sequenza
Specificare le sequenze. È possibile specificare più file qui, il che riduce l'FSM
costruendo un sovraccarico e fa funzionare ipcress più velocemente rispetto all'esecuzione del processo
separatamente.

IPCRESS PARAMETRI

-m | --mancata corrispondenza
Specificare il numero di discrepanze consentite per primer. Consentire le discrepanze riduce
la velocità del programma in quanto deve essere costruito un grande vicinato di primer, e
meno esperimenti possono essere inseriti in memoria prima di ogni scansione della sequenza
banche dati.

-M | --memoria
Specificare la quantità di memoria che il programma dovrebbe utilizzare. Più memoria è fatta
ipcress disponibile, più veloce sarà l'esecuzione, poiché più esperimenti di PCR possono essere condotti
in ogni scansione dei database di sequenza. Questo non include la memoria utilizzata durante
la scansione (per memorizzare risultati parziali e sequenze), quindi la quantità effettiva di
la memoria utilizzata sarà leggermente superiore.

-p | --bello
Visualizza i risultati in un formato leggibile, non progettato per l'analisi.

-P | --prodotti
Visualizza i prodotti PCR come una sequenza in formato FASTA.

-S | --seme
Specificare la lunghezza del seme per la parola vicinato per l'FSM. Se impostato a zero,
viene utilizzato il primer completo. Parole più brevi riducono le dimensioni del quartiere, ma
aumentare il tempo impiegato da ipcress per filtrare le corrispondenze false positive.

AMBIENTE

Non ancora documentato.

ESEMPI

irriverente test.ipress sequenza.fasta
Questo è il modo più semplice per utilizzare ipcress.
irriverente dbsts_human.ipress --sequenza ncbi30/*.fasta --mancata corrispondenza 1
Confronta un file di input con un insieme di file Fasta, consentendo una mancata corrispondenza in ciascuno
primo.

VERSIONE

Questa documentazione accompagna la versione 2.2.0 del pacchetto exonerate.

Usa ipcress online utilizzando i servizi onworks.net