Questo è il comando macs2_bdgopt che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
macs2_bdgopt - Analisi basata su modello per il sequenziamento ChIP
DESCRIZIONE
utilizzo: macs2 bdgopt [-h] -i IFILE [-m {moltiplica, somma, p2q}]
[-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]] [--outdir OUTDIR] -o
OFLE
opzionale argomenti:
-h, --Aiuto
mostra questo messaggio di aiuto ed esci
-i FILE, --ifile IFILE
Punteggio MACS in bedGraph. Nota: questo deve essere un file bedGraph che copra l'INTERO
genoma. NECESSARIO
-m {moltiplica, somma, p2q}, --metodo {moltiplica, somma, p2q}
Metodo per modificare la colonna del punteggio del file bedGraph. Le scelte disponibili sono:
moltiplicare, aggiungere o p2q. 1) moltiplicare, l'EXTRAPARAM è richiesto e sarà
moltiplicato per la colonna del punteggio. Se intendi dividere la colonna del punteggio per X, usa
valore di 1/X come EXTRAPARAM. 2) aggiungi, l'EXTRAPARAM è obbligatorio e verrà aggiunto a
la colonna del punteggio. Se intendi sottrarre la colonna del punteggio per X, usa il valore di -X
come EXTRAPARAM. 3) p2q, questo convertirà i punteggi del valore p in punteggi del valore q usando
Processo Benjamini-Hochberg. L'EXTRAPARAM non è richiesto. Questo metodo presuppone
i punteggi sono -log10 valore p da MACS2. Qualsiasi altro tipo di punteggio causerà
errori imprevisti.
-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARARAM...]], --parametri extra [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM...]]
Il parametro aggiuntivo per METHOD. Controlla il dettaglio di -m opzione.
--dir FUORIDIR
Se specificato, tutti i file di output verranno scritti in quella directory. Predefinito: il
directory di lavoro corrente
-o FILE, --ofile OFLE
Nome del file BEDGraph di output.
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