maqview - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

Maqview - Indicizzatore e visualizzatore di allineamento Maq

SINOSSI

maqindex -i|-v|-b [-c in.cns] in.mappa [chr[:inizia a[-fine]] [...]]

maqview [-c in.cns] in.mappa

DESCRIZIONE

Maqview è un insieme di programmi che consente un rapido accesso casuale al file di allineamento
generato da `trucco map', e mostra l'allineamento con una bella GUI (Graphical User
Interfaccia). È altamente efficiente in termini di velocità, memoria e utilizzo del disco. Maqview è basato su
OpenGL ed è noto per funzionare sia su Mac OS X che su Linux. Il porting su Windows è in linea di principio
Easy.

maqindex
maqindex -i|-v|-b [-c in.cns] in.mappa [chr[:inizia a[-fine]] [...]]

-i Indicizzare il file di allineamento

-v Stampa l'allineamento nella regione specificata nel formato `maq mapview'

-b Scarica l'allineamento nella regione specificata nel formato binario .map

-c RISORSE Indicizzare il file di consenso Maq per la visualizzazione in maqview allo stesso tempo

Programma maqindex indicizza un file di allineamento maq in.mappa o recupera rapidamente tutte le letture in
una o più regioni. Uno di -i, -v ed -b deve essere usato. Per -v or -b, almeno una
devono essere specificate regioni come "chrX", "chrX:1000" o "chrX:1,000-2,000". Più regioni
sono ammessi.

maqview
maqview [-c in.cns] in.mappa

-c RISORSE Il file di consenso Maq

Programma maqview visualizza l'allineamento di lettura in una finestra grafica. quando in.cns is
specificato, la sequenza superiore è il riferimento, seguita dalla sequenza di consenso Maq;
in caso contrario, verrà calcolato il consenso a maggioranza.

Maqview ha due viste: vista sequenza e vista box. Nella vista sequenza, leggi sequenze
verrà stampato sullo schermo. Le basi più scure indicano qualità di base inferiori e quelle rosse
mostrare le differenze rispetto al riferimento se in.cns è specificato o al
consenso della maggioranza in caso contrario. Nella visualizzazione del riquadro, sono presenti diversi tipi di nucleotidi
rappresentati come caselle di colore con verde per A, ciano per C, arancione per G, rosso per T e scuro
grigio per N. La saturazione dei colori indica le qualità di base e le linee di spessore
of reads mostra le qualità di mappatura degli allineamenti di lettura. Lo zoom avanti/indietro è supportato solo
nella visualizzazione della casella. In entrambe le viste, la barra di stato nella parte inferiore della finestra mostrerà alcuni
informazioni sui tocchi chiave e leggere i nomi e le qualità di base puntate dal mouse.

La navigazione nell'allineamento viene eseguita da varie associazioni di tasti.

· Associazioni dei tasti:

? Mostra aiuto
Uscita
Vista in sequenza
Vista scatola
p Passa alla sequenza di riferimento precedente
n Passa alla sequenza di riferimento successiva
r Aggiorna

Spostarsi nella posizione indicata da
h / Sposta a sinistra di una base
l / Spostati a destra di una base
K / Sali di una riga
J / Scendi di una riga
> Passa alla lettura successiva
< Passa alla lettura precedente
G / Spostarsi all'inizio del riferimento corrente
G / Spostarsi alla fine del riferimento corrente
tu / Sposta a sinistra di una pagina
/ Spostati a destra di una pagina
Muoviti di 100 basi
Muoviti di 1000 basi

+ Aggiungi una nuova vista
- Rimuovi la vista corrente

Attiva/disattiva lo scorrimento automatico a destra
^b Attiva/disattiva lo scorrimento automatico a sinistra
+ Ingrandisci
- Rimpicciolisci
0 Zoom alla scala predefinita
q Mostra/nascondi qualità di mappatura
e Attiva/disattiva la visualizzazione delle qualità di mappatura SE/PE
o Apri un nuovo file di allineamento

· Immettere un numero intero e quindi premere per saltare alla posizione richiesta.

· Immettere un numero intero e quindi premere un tasto diverso da per velocizzare lo scorrimento del
fattore specificato.

· Fare clic con il tasto sinistro e trascinare la croce gialla nel quadrato per spostarsi lungo la sequenza. Destra
fare clic sul riferimento per evidenziare una colonna.

Usa maqview online utilizzando i servizi onworks.net