mfa2xmfa - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

addUnalignedIntervals - parte del pacchetto mauveAligner
allineamentoProiettore - parte del pacchetto mauveAligner
backbone_global_to_local - parte del pacchetto mauveAligner
bbAnalyze - parte del pacchetto mauveAligner
createBackboneMFA - parte del pacchetto mauveAligner
getAlignmentWindows - parte del pacchetto mauveAligner
getOrthologList - parte del pacchetto mauveAligner
makeBadgerMatrix - parte del pacchetto mauveAligner
mauveToXMFA - parte del pacchetto mauveAligner
mfa2xmfa - parte del pacchetto mauveAligner
projectAndStrip - parte del pacchetto mauveAligner
randomGeneSample - parte del pacchetto mauveAligner
scoreAlignment - parte del pacchetto mauveAligner
stripGapColumns - parte del pacchetto mauveAligner
stripSubsetLCBs - parte del pacchetto mauveAligner
toGrimmFormat - parte del pacchetto mauveAligner
toMultiFastA - parte del pacchetto mauveAligner
toRawSequence - parte del pacchetto mauveAligner
uniqueMerCount - parte del pacchetto mauveAligner
uniquifyTrees - parte del pacchetto mauveAligner
xmfa2maf - parte del pacchetto mauveAligner

DESCRIZIONE

Questi strumenti appartengono al pacchetto mauveAligner. Non sono esplicitamente documentati ma
stanno stampando una linea di sinossi che viene ripetuta qui.

aggiungiIntervalli non allineati intervallo file> <uscita intervallo file>

allineamentoProiettore xmfa> <uscita xmfa> <mfa ss ingresso> <mfa ss uscita> <elenco of
seguito a includere, di partenza at 0>

backbone_global_to_local <xmfa file> <spina dorsale file> <uscita file>

bbAnalizza <xmfa file> <guida albero> <spina dorsale seq file> <spina dorsale col file> <annotato
ss indice> <uscita file>

l'indice di sequenza annotato inizia da 0.

createBackboneMFA intervallo file> <uscita AMF nome>

getAlignmentWindows <XMFA allineamento> <finestra lunghezza> <finestra spostamento importo> <base produzione
nome file>

getOrthologistList getOrthologistList xmfa> <spina dorsale ss file> <riferimento genoma> <CDS
ortologo nome file> <CDS allineamento base nome>

makeBadger Matrix makeBadger Matrix xmfa> <uscita tasso file> <LCB coordinare file>

malvaToXMFA malvaToXMFA <Malva allineamento ingresso> <XMFA uscita>

mfa2xmfa <AMF allineamento ingresso> <XMFA allineamento uscita> [Non allineato Fast A produzione]

progettoAndStrip xmfa> <uscita xmfa> ...

Gli identificatori di sequenza numerici iniziano da 0.

casualeGeneSample xmfa> <spina dorsale ss file> <campione genoma> <numero of geni>
<uscita base nome> [a caso seme]

punteggioAllineamento <corretto allineamento> <calcolato allineamento> [evoluto sequenza file] [slagan]

stripGapColumns XMFA> <uscita XMFA>

strisciaSottoinsiemeLCB xmfa> bbcols> <uscita xmfa> [minimo LCB dimensione] [minimo genomi]
[a caso sottocampione a X kb]

in GrimmFormat <Malva Allineamento> <genoma 1 chr lunghezze>... N chr lunghezze>

aMultiFastA intervallo file> <uscita base nome>

a RawSequence sequenza> <uscita file>

unicoMerCount <Ordinati mare Elenco>

uniquifyAlberi <nesso ingresso file> <nesso produzione file>

Tutti gli alberi nel file di input devono avere lo stesso numero di taxa e lo stesso taxon
etichette

xmfa2maf <xmfa ingresso> <maf uscita>

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