mia-2dmymilles - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

mia-2dmymilles - Eseguire una registrazione di una serie di immagini 2D.

SINOSSI

mia-2dmymilles -i -o [opzioni]

DESCRIZIONE

mia-2dmymilles Questo programma è utilizzato per eseguire una versione modificata di ICA based
approccio di registrazione descritto in Milles et al. "Correzione del movimento completamente automatizzata in"
Sequenze di immagini RM di perfusione miocardica di primo passaggio", trad. Med. Imaging., 27(11)
1611-1621, 2008. Le modifiche includono l'estrazione del movimento quasi periodico in libera
set di dati acquisiti con respiro e la possibilità di eseguire invece la registrazione affine o rigida
dell'ottimizzazione delle sole traduzioni.

VERSIONI

File-IO
-i --in-file=(input, richiesto); corda
inserire il set di dati di perfusione

-o --out-file=(output, richiesto); corda
set di dati di perfusione in uscita

-r --registrato=
base del nome file per i file registrati

--salva-riferimenti=
salva le immagini di riferimento sintetiche in questa base di file

--save-cropped=
salva l'immagine ritagliata impostata su questo file

--save-funzione=
salvare le immagini delle caratteristiche risultanti dall'ICA e alcune immagini intermedie
utilizzato per la segmentazione RV-LV con il nome file dato in base ai file PNG.
Salva anche i coefficienti del migliore iniziale e della miscelazione IC finale
matrice.

Aiuto & Info
-V --verbose=avvertimento
verbosità dell'output, stampa messaggi di un dato livello e priorità più alte.
Le priorità supportate a partire dal livello più basso sono:
info ‐ Messaggi di basso livello
tracciare ‐ Traccia chiamata funzione
fallire ‐ Segnalare i fallimenti dei test
identificazione dei warning ‐ Avvertenze
errore ‐ Segnala errori
mettere a punto ‐ Uscita di debug
messaggio ‐ Messaggi normali
fatale ‐ Segnala solo errori fatali

--diritto d'autore
stampa le informazioni sul copyright

-h --aiuto
stampa questo aiuto

-? --uso
stampa un breve aiuto

--versione
stampa il numero di versione ed esci

ICA
-C --componenti=0
Componenti ICA 0 = stima automatica Componenti ICA 0 = automatico
stima

--normalizzare
CI normalizzati

--non-strip
non togliere la media dalle curve di miscelazione

-g --indovina
usa la supposizione iniziale per la perfusione miocardica

-s --segscale=1.4
segmentare e ridimensionare il riquadro di ritaglio attorno al segmento LV (0=nessuna segmentazione) e
ridimensiona la casella di ritaglio attorno al LV (0=nessuna segmentazione)

-k --salta=0
salta le immagini all'inizio della serie come sono di altre
modalitàsalta le immagini all'inizio della serie in quanto sono di altre
modalità

-m --max-ica-iter=400
numero massimo di iterazioni in ICAnumero massimo di iterazioni in ICA

-E --segmethod=caratteristiche
Metodo di segmentazione
delta-picco ‐ differenza delle immagini di miglioramento del picco
Caratteristiche ‐ immagini in primo piano
caratteristica delta ‐ differenza delle immagini caratteristiche

Processando
--thread=-1
Numero massimo di thread da utilizzare per l'elaborazione, questo numero dovrebbe essere inferiore
o uguale al numero di core del processore logico nella macchina. (-1:
stima automatica).Numero massimo di thread da utilizzare per l'elaborazione,Questo
il numero deve essere inferiore o uguale al numero di core del processore logico in
la macchina. (-1: stima automatica).

Iscrizione
-c --costo=ssd
criterio di registrazione

-O --optimizer=gsl:opt=simplex,step=1.0
Ottimizzatore utilizzato per la riduzione al minimo Ottimizzatore utilizzato per la riduzione al minimo Per
plugin supportati vedi PLUGINS:minimizer/singlecost

-f --transForm=rigido
tipo di trasformazione tipo di trasformazione Per i plugin supportati vedere
PLUGIN: 2dimage/transform

-l --mg-livelli=3
livelli multi-risoluzionelivelli multi-risoluzione

-R --riferimento=-1
Riferimento globale a cui tutte le immagini devono essere allineate. Se impostato su un non negativo
valore, le immagini saranno allineate a questi riferimenti e l'output ritagliato
la data dell'immagine verrà inserita nelle immagini originali. Parti a -1 se tu
non importa. In questo caso tutte le immagini devono essere registrate in una posizione media di
il riferimento motionGlobal a cui tutte le immagini devono essere allineate. Se impostato su a
valore non negativo, le immagini saranno allineate a questi riferimenti e il
la data dell'immagine di output ritagliata verrà inserita nelle immagini originali. Lasciare
a -1 se non ti interessa. In questo caso tutte le immagini devono essere registrate su a
posizione media del movimento

-P --passa=2
abbonamenti abbonamenti

PLUGIN: 1g/splinebc

specchio Condizioni al contorno di interpolazione spline che si specchiano sul confine

(nessun parametro)

ripetere Condizioni al contorno dell'interpolazione spline che ripete il valore al confine

(nessun parametro)

zero Condizioni al contorno di interpolazione spline che assumono zero per valori esterni

(nessun parametro)

PLUGIN: 1d/splinekernel

bspline Creazione del kernel B-spline, i parametri supportati sono:

d = 3; intero in [0, 5]
Grado spline.

mamme Creazione del kernel OMoms-spline, i parametri supportati sono:

d = 3; intero in [3, 3]
Grado spline.

PLUGIN: 2dimage/trasformare

raffinato Trasformazione affine (sei gradi di libertà)., i parametri supportati sono:

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

rigido Trasformazioni rigide (cioè rotazione e traslazione, tre gradi di
libertà)., i parametri supportati sono:

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

rot-centro = [[0,0]]; vettore 2df
Centro di rotazione relativo, cioè <0.5,0.5> corrisponde al centro del
rettangolo di appoggio.

rotazione Trasformazioni di rotazione (cioè rotazione attorno a un dato centro, un grado di
libertà)., i parametri supportati sono:

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

rot-centro = [[0,0]]; vettore 2df
Centro di rotazione relativo, cioè <0.5,0.5> corrisponde al centro del
rettangolo di appoggio.

spline Trasformazione a forma libera che può essere descritta da un insieme di coefficienti B-spline
e un kernel B-spline sottostante., i parametri supportati sono:

anisorare = [[0,0]]; vettore 2df
coefficiente anisotropico in pixel, i valori non positivi saranno
sovrascritto dal valore 'tasso'..

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

Kernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel spline di trasformazione. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

pena = ; fabbrica
Pena di trasformazione. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:2dtransform/splinepenalty

tasso = 10; fluttuare in [1, inf)
coefficiente isotropo in pixel.

tradurre Solo traslazione (due gradi di libertà), i parametri supportati sono:

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

vf Questo plug-in implementa una trasformazione che definisce una traduzione per ciascuno
punto della griglia che definisce il dominio della trasformazione., supportato
i parametri sono:

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

PLUGIN: 2dtrasformazione/splinepenalità

divcurl divcurl penalità sulla trasformazione, i parametri supportati sono:

arricciare = 1; fluttuare in [0, inf)
peso di penalità sul curl.

div = 1; fluttuare in [0, inf)
peso della penalità sulla divergenza.

norma = 0; bollo
Impostato a 1 se la penalità deve essere normalizzata rispetto all'immagine
dimensione.

peso = 1; fluttuare in (0, inf)
peso dell'energia della penalità.

PLUGIN: minimizzatore/costo unico

gda Discesa del gradiente con correzione automatica della dimensione del passo., i parametri supportati sono:

ftolr = 0; raddoppiare in [0, inf)
Stop se il relativo cambio del criterio è inferiore..

max-passo = 2; raddoppiare (0, inf)
Dimensione massima assoluta del passo.

massimo = 200; uint in [1, inf)
Criterio di arresto: il numero massimo di iterazioni.

min-passo = 0.1; raddoppiare (0, inf)
Dimensione minima assoluta del passo.

xtola = 0.01; raddoppiare in [0, inf)
Interrompi se l'inf-norma della modifica applicata a x è inferiore a questo valore..

gdq Discesa del gradiente con stima del passo quadratico, i parametri supportati sono:

ftolr = 0; raddoppiare in [0, inf)
Stop se il relativo cambio del criterio è inferiore..

gtola = 0; raddoppiare in [0, inf)
Interrompi se la norma inf del gradiente è inferiore a questo valore..

massimo = 100; uint in [1, inf)
Criterio di arresto: il numero massimo di iterazioni.

scala = 2; raddoppiare (1, inf)
Ridimensionamento fisso della dimensione del passo di fallback.

passo = 0.1; raddoppiare (0, inf)
Dimensione del passo iniziale.

xtola = 0; raddoppiare in [0, inf)
Interrompi se l'inf-norm di x-update è inferiore a questo valore..

GSL plugin di ottimizzazione basato sugli ottimizzatori multimin della GNU Scientific Library
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/, i parametri supportati sono:

eps = 0.01; raddoppiare (0, inf)
ottimizzatori basati su gradiente: si fermano quando |grad| < eps, simplex: fermati quando
dimensione simplex < eps..

iter = 100; uint in [1, inf)
numero massimo di iterazioni.

optare = gd; detto
Ottimizzatore specifico da utilizzare. I valori supportati sono:
bfg ‐ Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann
bfgs2 ‐ Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann (versione più efficiente)
cg-fr ‐ Algoritmo del gradiente coniugato di Flecher-Reeves
gd ‐ Discesa del gradiente.
simplex ‐ Algoritmo simplex di Nelder e Mead
cg-pr ‐ Algoritmo del gradiente coniugato Polak-Ribiere

passo = 0.001; raddoppiare (0, inf)
dimensione del passo iniziale.

tol = 0.1; raddoppiare (0, inf)
qualche parametro di tolleranza.

nlopt Algoritmi di minimizzazione che utilizzano la libreria NLOPT, per una descrizione del
ottimizzatori vedere 'http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms', i parametri supportati sono:

ftola = 0; raddoppiare in [0, inf)
Criterio di arresto: la variazione assoluta del valore oggettivo è inferiore
questo valore.

ftolr = 0; raddoppiare in [0, inf)
Criterio di arresto: la variazione relativa del valore oggettivo è inferiore
questo valore.

superiore = inf; Doppio
Limite superiore (uguale per tutti i parametri).

locale-opz = nessuno; detto
algoritmo di minimizzazione locale che può essere richiesto per il principale
algoritmo di minimizzazione. I valori supportati sono:
gn-orig-diretto-l ‐ Rettangoli divisori (implementazione originale,
localmente di parte)
gn-diretto-l-noscal - Rettangoli divisori (non scalati, distorti localmente)
gn-isres ‐ Strategia di evoluzione del ranking stocastico migliorata
ld-tnewton ‐ Newton troncato
gn-diretto-l-rand - Rettangoli divisori (localmente distorti, randomizzati)
ln-newuoa ‐ Ottimizzazione non vincolata senza derivati ​​in modo iterativo
Approssimazione quadratica costruita
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Rettangoli divisori (non in scala, localmente
parziale, randomizzato)
gn-orig-diretto ‐ Dividere i rettangoli (implementazione originale)
ld-tnewton-precond ‐ Newton troncato precondizionato
ld-tnewton-riavvio ‐ Newton troncato con ripartenza in discesa più ripida
gn-diretto ‐ Dividere i rettangoli
ln-Neldermead ‐ Algoritmo del simplesso di Nelder-Mead
ln-cobyla ‐ Ottimizzazione vincolata mediante approssimazione lineare
gn-crs2-lm ‐ Ricerca casuale controllata con mutazione locale
ld-var2 ‐ Variabile a memoria limitata spostata, rango 2
ld-var1 ‐ Variabile a memoria limitata spostata, rango 1
ld-mma ‐ Metodo di spostamento degli asintoti
ld-lbfgs-nocedal - Nessuno
ld-lbfgs ‐ BFGS a bassa memoria
gn-diretto-l - Rettangoli divisori (localmente distorti)
nessuna ‐ non specificare l'algoritmo
ln-bobyqa ‐ Ottimizzazione vincolata senza derivati
ln-sbplx ‐ Variante subplex di Nelder-Mead
ln-newuoa-vincolato ‐ Ottimizzazione vincolata senza derivati ​​da
Approssimazione quadratica costruita iterativamente
ln-prassi ‐ Ottimizzazione locale priva di gradienti tramite l'asse principale
metodo
gn-direct-noscal ‐ Rettangoli divisori (non in scala)
ld-tnewton-pre-riavvio ‐ Newton troncato precondizionato con
ripartenza in discesa più ripida

inferiore = -inf; Doppio
Limite inferiore (uguale per tutti i parametri).

massimo = 100; intero in [1, inf)
Criterio di arresto: il numero massimo di iterazioni.

optare = ld-lbfgs; detto
principale algoritmo di minimizzazione. I valori supportati sono:
gn-orig-diretto-l ‐ Rettangoli divisori (implementazione originale,
localmente di parte)
g-mlsl-lds ‐ Multi-Level Single-Linkage (sequenza a bassa discrepanza,
richiedono ottimizzazione e limiti locali basati sul gradiente)
gn-diretto-l-noscal - Rettangoli divisori (non scalati, distorti localmente)
gn-isres ‐ Strategia di evoluzione del ranking stocastico migliorata
ld-tnewton ‐ Newton troncato
gn-diretto-l-rand - Rettangoli divisori (localmente distorti, randomizzati)
ln-newuoa ‐ Ottimizzazione non vincolata senza derivati ​​in modo iterativo
Approssimazione quadratica costruita
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Rettangoli divisori (non in scala, localmente
parziale, randomizzato)
gn-orig-diretto ‐ Dividere i rettangoli (implementazione originale)
ld-tnewton-precond ‐ Newton troncato precondizionato
ld-tnewton-riavvio ‐ Newton troncato con ripartenza in discesa più ripida
gn-diretto ‐ Dividere i rettangoli
auglag-eq ‐ Algoritmo Lagrangiano Aumentato con vincoli di uguaglianza
esclusivamente
ln-Neldermead ‐ Algoritmo del simplesso di Nelder-Mead
ln-cobyla ‐ Ottimizzazione vincolata mediante approssimazione lineare
gn-crs2-lm ‐ Ricerca casuale controllata con mutazione locale
ld-var2 ‐ Variabile a memoria limitata spostata, rango 2
ld-var1 ‐ Variabile a memoria limitata spostata, rango 1
ld-mma ‐ Metodo di spostamento degli asintoti
ld-lbfgs-nocedal - Nessuno
g-mlsl ‐ Collegamento singolo multilivello (richiede ottimizzazione locale e
limiti)
ld-lbfgs ‐ BFGS a bassa memoria
gn-diretto-l - Rettangoli divisori (localmente distorti)
ln-bobyqa ‐ Ottimizzazione vincolata senza derivati
ln-sbplx ‐ Variante subplex di Nelder-Mead
ln-newuoa-vincolato ‐ Ottimizzazione vincolata senza derivati ​​da
Approssimazione quadratica costruita iterativamente
auglag ‐ Algoritmo Lagrangiano Aumentato
ln-prassi ‐ Ottimizzazione locale priva di gradienti tramite l'asse principale
metodo
gn-direct-noscal ‐ Rettangoli divisori (non in scala)
ld-tnewton-pre-riavvio ‐ Newton troncato precondizionato con
ripartenza in discesa più ripida
ld-slsqp ‐ Programmazione quadratica dei minimi quadrati sequenziali

passo = 0; raddoppiare in [0, inf)
Dimensione del passo iniziale per i metodi senza gradiente.

Stop = -inf; Doppio
Criterio di arresto: il valore della funzione scende al di sotto di questo valore.

xtola = 0; raddoppiare in [0, inf)
Criterio di arresto: la variazione assoluta di tutti i valori x è inferiore a questo
valore.

xtolr = 0; raddoppiare in [0, inf)
Criterio di arresto: la variazione relativa di tutti i valori x è inferiore a questo
valore.

ESEMPIO

Registrare la serie di perfusione fornita in 'segment.set' utilizzando la stima automatica dell'ICA.
Salta due immagini all'inizio e altrimenti usa i parametri predefiniti. Conservare il
risultato in 'registered.set'.

mia-2dmymilles -i segmento.set -o registrato.set -k 2

AUTORE(i)

Gert Wollny

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