Questo è il comando primer che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
primers - Versione semplice di primer3 per selezionare i primer per PCR
SINOSSI
primer -sequenza seguito [-regione di destinazione gamma] [-misura minima numero intero] [-dimensione massima numero intero]
[-maxdifftm galleggiante] [-spiega bandiera booleano] [-numritorno numero intero] -file di uscita file di uscita
primer -Aiuto
DESCRIZIONE
primer è un programma a riga di comando di EMBOSS ("the European Molecular Biology Open
Suite Software”). Fa parte dei gruppi di comandi "Nucleic:Primers".
VERSIONI
Ingresso pagina
-sequenza seguito
La sequenza da cui scegliere i primer. La sequenza deve essere presentata 5' -> 3'
aggiuntivo pagina
-regione di destinazione gamma
Se vengono specificati uno o più Bersagli, una coppia di primer legale deve affiancarne almeno uno
di loro. Un target potrebbe essere un semplice sito di ripetizione della sequenza (ad esempio una ripetizione CA) o
un polimorfismo a singola coppia di basi. Il valore dovrebbe essere un elenco separato da spazi di
, coppie dove è l'indice della prima base di un Target, e
è l'ultimo Es. 50,51 richiede primer per circondare le 2 basi nelle posizioni 50
e 51.
-misura minima numero intero
Lunghezza minima accettabile di un primer. Deve essere maggiore di 0 e minore o uguale
a MAX-SIZE. Valore predefinito: 18
-dimensione massima numero intero
Lunghezza massima accettabile (in basi) di un primer. Attualmente questo parametro non può essere
maggiore di 35. Questo limite è governato dalla dimensione massima dell'oligo per cui Primer3's
la temperatura di fusione è valida. Valore predefinito: 27
-maxdifftm galleggiante
Differenza massima accettabile (senza segno) tra le temperature di fusione del
primer avanti e indietro. Valore predefinito: 100.0
Uscita pagina
-spiega bandiera booleano
Se questo flag è diverso da 0, produrre SPIEGAZIONE SINISTRA e SPIEGAZIONE DESTRA, output, che sono
destinato a fornire informazioni sul numero di coppie di primer esaminate da Primer3,
e statistiche sul numero scartato per vari motivi. Valore predefinito: N
-numritorno numero intero
Il numero massimo di coppie di primer da restituire. Le coppie di primer restituite sono ordinate per
la loro 'qualità', in altre parole dal valore della funzione obiettivo (dove un minore
numero indica una coppia di primer migliore). Attenzione: impostare questo parametro su un grande
valore aumenterà il tempo di esecuzione. Valore predefinito: 5
-file di uscita file di uscita
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