Questo è il comando zalign che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre numerose workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online di Windows o emulatore online di MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
zalign - allineamento locale parallelo di sequenze biologiche
SINOSSI
allineare [-s punteggi] [-S diviso] [-H hblk] [-V vblk] file1 file2
DESCRIZIONE
zAlign è un allineatore di sequenze locali, specificamente progettato per l'uso con DNA biologico di grandi dimensioni
sequenze, con più di 1 Mbp (milioni di coppie di basi). Utilizza la sequenza esatta di Smith-Waterman
algoritmo con funzione di costo del gap affine per eseguire questa attività.
Informazioni opzioni:
-h mostra questo aiuto ed esce
-s
specificare un elenco separato da virgole di punteggi da utilizzare durante il calcolo dell'allineamento
matrici in tutto il programma. L'elenco deve essere nel formato
"-sMATCH,MISMATCH,GAP_OPEN,GAP_EXTENSION" (senza virgolette), e viene analizzato in questo
Ordine PRECISO; non sono consentiti spazi tra i valori. Se ci sono dei non specificati
parametri, questi vengono impostati sui valori di default e viene emesso un messaggio di avviso;
i parametri eccedenti vengono scartati
Stage 2 opzioni:
-S
(solo mpialign) numero di parti in cui dividere la matrice di allineamento; dopodichè
viene applicato un modello a blocchi ciclici, suddividendo ogni parte equamente tra tutte
nodi disponibili
-H
(solo mpialign) numero di suddivisioni orizzontali fatte da ciascun nodo al suo
sottomatrice di allineamento; poiché questo valore definisce la larghezza del blocco, una buona scelta dovrebbe
consentire a due linee di matrice complete di adattarsi alle pagine della cache del processore, migliorando l'algoritmo
performance
-V
(solo mpialign) numero di suddivisioni verticali fatte da ciascun nodo al suo allineamento
sottomatrice; questo valore influenza direttamente la quantità di comunicazione internodo ed è
utilizzato SOLO se 'split' è impostato su 1, altrimenti è impostato sul numero di disponibili
nodi
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