Questa è l'app Linux denominata GMATA software for Genomic SSR marker la cui ultima versione può essere scaricata come GMATAv2.2.jar. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata software GMATA per il marcatore SSR genomico con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
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Software GMATA per marcatore SSR genomico
DESCRIZIONE
Che cos'è il software GMATA v21
Genome-wide Microsatellite Analyzing Toward Application (GMATA) è un software per analisi SSR (Simple Sequence Repeats) e per la progettazione e mappatura di marcatori SSR in qualsiasi sequenza di DNA. Ha le seguenti funzioni:
1. Estrazione SSR;
2. Analisi e grafici statistici;
3. Visualizzazione grafica dei loci SSR;
4. Progettazione di marcatori;
5. Mappatura elettronica e indagine sulla trasferibilità dei marker.
GMATA è preciso, sensibile e veloce. È stato progettato per elaborare grandi serie di dati di sequenze genomiche, in particolare grandi sequenze di interi genomi. In teoria, genomi di qualsiasi dimensione possono essere facilmente analizzati da GMATA. Il software GMATA funziona su server, desktop o persino laptop e può essere eseguito nell'interfaccia grafica con solo clic o eseguito nella riga di comando o nella pipeline automatizzata. È anche multipiattaforma e supporta Unix/Linux, Win e Mac. I risultati del software GMATA possono essere visualizzati direttamente graficamente con il genoma o le caratteristiche del gene in Gbrowser e facilmente integrati con qualsiasi database genomico.
Caratteristiche
- Mining SSR accurato e veloce in qualsiasi sequenza di grandi dimensioni
- Analisi statistica completa e plottaggio
- Loci SSR e visualizzazione grafica dei marker in Gbrowser con caratteristiche del genoma
- Progettazione di marcatori SSR specifici e PCR simulata
- Mappatura elettronica e indagine sulla trasferibilità dei marcatori
- disponibile anche su https://github.com/XuewenWangUGA/GMATA.git
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/gmata/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.