Questa è l'app Linux denominata ISVASE la cui ultima versione può essere scaricata come ISVASE1.1.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata ISVASE con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
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ISVASO
DESCRIZIONE
Per generare mRNA maturi corretti, gli esoni devono essere identificati e uniti insieme in modo preciso ed efficiente dal meccanismo di splicing dell'RNA. Va notato che circa un terzo o la metà di tutte le mutazioni che causano malattie hanno effetto sullo splicing dell'RNA. Tuttavia, esistono pochi strumenti bioinformatici per identificare direttamente le varianti di sequenza associate agli eventi di splicing (SVASE) sulla base dei dati RNA-seq. Abbiamo sviluppato ISVASE, uno strumento semplice e conveniente per identificare SVASE direttamente utilizzando i dati RNA-seq. Rispetto al software PVAAS esistente, il nostro metodo presenta numerosi vantaggi come filtri statistici e filtri dipendenti da regole rigorosi in ogni fase, varianti della sequenza di rilevamento per eventi di giunzione noti, varianti della sequenza di identificazione in due parti della giunzione (giunzione) separatamente, spostamento della giunzione di rilevamento eventi se si forniscono annotazioni di splicing note, si valuta il segnale di splicing, si confrontano con mutazioni note del DNA e/o dati di modifica dell'RNA e tempi di esecuzione brevi.
Caratteristiche
- È il primo strumento per identificare la variante di sequenza associata all'evento di splicing sia per le nuove varianti di splicing che per le varianti di splicing note.
- ISVASE identifica prima le varianti di sequenza per ciascuna variante di giunzione, quindi identifica le varianti di sequenza per tutte le varianti di giunzione correlate (stesso inizio o fine della giunzione) per l'analisi comparativa e il test statistico.
- L'ISVASE identifica e giudica separatamente le varianti di sequenza per entrambe le parti della giunzione, il che può ulteriormente distinguere l'effetto delle varianti di sequenza per le diverse parti della giunzione.
- ISVASE applica diversi filtri rigorosi basati su regole e filtri statistici in diverse fasi.
- ISVASE considera gli eventi di shift di giunzione e segnali di giunzione (5' ss e 3' ss) per rimuovere le varianti di falso splicing.
- ISVASE può utilizzare i dati di modifica del DNA e di modifica dell'RNA forniti dall'utente per designare il tipo di origine delle varianti di sequenza.
- ISVASE ottiene la sequenza fiancheggiante di varianti di sequenza per la ricerca del motivo del potenziatore di splicing esonico.
- ISVASE può convertire il file di variante della sequenza predefinito in un file di formato di input ANNOVAR per l'annotazione delle varianti.
- ISVASE utilizza 8 cifre per mostrare le caratteristiche delle varianti di sequenza associate agli eventi di splicing.
Pubblico
Scienza / Ricerca
Linguaggio di programmazione
Perl
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/isvase/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
