Questa è l'app Linux denominata Kinannote per l'esecuzione in Linux online la cui ultima versione può essere scaricata come Kinannote_1.0.tar. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata Kinannote per l'esecuzione in Linux online con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
Ad
Kinannote per funzionare in Linux online
DESCRIZIONE
Kinannote identifica e classifica le protein chinasi in un file fasta fornito dall'utente utilizzando un HMM derivato da protein chinasi serina/treonina, una matrice di punteggio specifica per la posizione derivata dall'HMM e il confronto con una versione locale del database di chinasi curato da chinase.com. Se l'utente inserisce un proteoma completo, moduli aggiuntivi valutano la completezza del kinome e lo inseriscono nel contesto con i kinome di riferimento. Kinannote viene eseguito su una riga di comando unix e dipende dalle installazioni locali di hmmer 2 e Blast 2.24.Citando Kinannote:
Kinannote, un programma per computer per identificare e classificare i membri della superfamiglia delle protein chinasi eucariotiche
Jonathan M. Goldberg; Allison Griggs; Janet L. Smith; BrianHaas; Jennifer Wortmann; Qiandong Zeng
Bioinformatica 2013; doi: 10.1093/bioinformatica/btt419
http: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/29/19/2387.full
pdf: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/29/19/2387.full.pdf+html
Pubblico
Scienza / Ricerca
Linguaggio di programmazione
Perl
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/kinannote/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
