Questa è l'app Linux denominata locusvu, da eseguire online su Linux. La sua ultima versione può essere scaricata come LocusVu.tar.gz. Può essere eseguita online sul provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app chiamata locusvu per eseguirla gratuitamente su Linux online con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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locusvu per funzionare su Linux online
DESCRIZIONE
LocusVu è un nuovo strumento software basato su Java che accetta un elenco di loci genomici (posizioni sul cromosoma) come input e automatizza il recupero di informazioni correlate (banda citogenetica, nome del gene, dati OMIM ecc.) da database pubblici come il browser del genoma UCSC Banca dati. Consente quindi più flussi di lavoro sui risultati recuperati, come il confronto di più set di dati (genomica comparativa), la visualizzazione di geni vicini per un loci dall'interno dello strumento stesso o la rappresentazione grafica di questi risultati in grafici a barre/torta. LocusVu ha una GUI semplice e facile da usare sul frontend che consente un'interazione utente intuitiva con la logica sottostante.Lo strumento può essere facilmente esteso per aggiungere supporto per altri database (es. Ensembl) o per recuperare informazioni
da altre tabelle nel database. Pertanto, LocusVu fornisce un framework di base che può essere utilizzato da utenti e sviluppatori allo stesso modo per semplificare i flussi di lavoro esistenti e crearne di nuovi per supportare l'analisi dei dati nella genomica.
Caratteristiche
- Automatizza il recupero dei dati dai database (attualmente database del browser del genoma UCSC)
- Abilita flussi di lavoro sui risultati recuperati come...
- ..confronto tra più set di dati (genomica comparativa)
- ..visualizza i geni vicini per un locus (dall'interno dello strumento stesso)
- ..rappresenta graficamente i risultati (grafici a barre/a torta)
- GUI di facile utilizzo sul frontend per un utilizzo intuitivo
- Registrazione con Log4j per un facile debug
- Facilmente estensibile
Pubblico
Scienza/Ricerca, Sviluppatori
Interfaccia utente
Altalena Java
Linguaggio di programmazione
Java
Ambiente database
MySQL
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/locusvu/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
