Questa è l'app Linux denominata miRDP2, da eseguire online su Linux. La sua ultima versione può essere scaricata come miRDP2-v1.1.4.tar.gz. Può essere eseguita online sul provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata miRDP2 per eseguirla gratuitamente su Linux online con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
miRDP2 per funzionare online su Linux
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DESCRIZIONE
miRDeep-P2 (miRDP2) è stato sviluppato per analizzare in modo accurato e rapido il trascrittoma dei microRNA (miRNA) nelle piante. È stato adottato da miRDeep-P (miRDP) con nuove strategie e un algoritmo revisionato. Abbiamo testato miRDP2 per analizzare i trascrittomi dei miRNA in piante con dimensioni del genoma gradualmente aumentate, come Arabidopsis, riso, pomodoro, mais e grano. Rispetto a miRDeep-P e a diversi altri strumenti di calcolo, miRDP2 ha elaborato i dati NGS con una velocità superiore. Incorporando i criteri di annotazione dei miRNA vegetali recentemente aggiornati, anche l'accuratezza di miRDP2 è notevolmente migliorata. I nostri risultati dimostrano che miRDP2 è uno strumento rapido e accurato per l'analisi del trascrittoma dei miRNA nelle piante.Riferimento: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty972
Caratteristiche
- piccolo RNA
- microRNA (miRNA)
- Sequenziamento di nuova generazione (NGS)
- Perl
Pubblico
Scienza / Ricerca
Linguaggio di programmazione
Perl
Ambiente database
PerlDBI/DBD
Questa applicazione può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/mirdp2/. È ospitata su OnWorks per poter essere eseguita online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
