Questa è l'app Linux chiamata Pontos, da eseguire online su Linux, la cui ultima versione può essere scaricata come Pontos-3.0.jar. Può essere eseguita online sul provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app chiamata Pontos per eseguirla gratuitamente su Linux online con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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Pontos funzionerà online su Linux
DESCRIZIONE
Pontos è un programma Java grafico di facile utilizzo per il calcolo di matrici di distanza (o somiglianza) non corrette da allineamenti di sequenze di DNA in formato PHYLIP. Crea anche allineamenti di "differenza" da quelli normali (e viceversa).Può gestire lacune e ambiguità in modi diversi.
Le lacune possono essere:
- tutto usato;
- tutto ignorato;
- ignorato solo alla fine delle sequenze, a coppie;
- ignorato solo alle estremità, ma ora globalmente (in effetti tagliando l'intero allineamento alle sequenze più lontane dalle estremità).
Le ambiguità (cose come R, Y, N, W, ecc. in una sequenza di DNA) possono essere trattate come:
- considerare le ambiguità come sempre diverse;
- considerare l'ambiguità come parzialmente diversa (es. R sarebbe 0.5 diverso da A o G);
- ignorare le ambiguità in ogni confronto a coppie;
- rimuovere tutte le colonne, globalmente, che mostrano ambiguità.
Pontos è stato scritto in Linux, ma dovrebbe funzionare in qualsiasi sistema in cui funziona Java. Pontos è concesso in licenza con GPL versione 3.
Pubblico
Scienza/Ricerca, Utenti finali/Desktop
Interfaccia utente
Altalena Java
Linguaggio di programmazione
Java
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/pontos/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
