Questa è l'app Linux denominata ProGraphMSA la cui ultima versione può essere scaricata come ProGraphMSA-20130709.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app chiamata ProGraphMSA con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
ProGraphMSA
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DESCRIZIONE
ProGraphMSA è uno strumento all'avanguardia per l'allineamento di sequenze multiple che produce pattern di gap filogeneticamente sensibili pur mantenendo la robustezza consentendo giunzioni ed errori alternativi nel pattern di ramificazione dell'albero guida. Ciò si ottiene incorporando una rappresentazione di sequenza basata su grafici come in POA e la combina con i vantaggi dell'algoritmo sensibile alla filogenesi in Prank. Inoltre, teniamo conto delle variazioni nel modello di sostituzione utilizzando le frequenze stimate degli amminoacidi e implementando profili specifici del contesto come in CS-Blast.Le ultime versioni di ProGraphMSA includono un'estensione al modello di allineamento per supportare inserimenti e cancellazioni di unità ripetute in tandem.
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/prographmsa/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
