Questa è l'app Linux denominata RGAAT, da eseguire online su Linux. La sua ultima versione può essere scaricata come RGAAT.tar.gz. Può essere eseguita online sul provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app chiamata RGAAT per eseguirla gratuitamente su Linux online con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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RGAAT verrà eseguito online su Linux
DESCRIZIONE
Questo programma può assemblare e/o annotare il genoma per il nuovo genoma e l'aggiornamento del genoma noto utilizzando file di allineamento di sequenza (formato SAM o BAM), file di varianti di sequenza (formato VCF o tabella a cinque colori (delimitato da tabulazioni, inclusi cromosoma, posizione, ID, riferimento allele e allele alternativo)) o nuovo file di sequenza genomica (formato FASTA) basato su file di sequenza genomica di riferimento (formato FASTA) e file di annotazione (formato TBL, GTF, GFF, GFF3 o BED).Caratteristiche
- identificazione della variazione di sequenza
- costruzione della sequenza di consenso del genoma
- modifica del genoma
- confronto del genoma
- annotazione del genoma
- costruire la conversione delle coordinate del genoma tra diverse versioni di assemblaggio del genoma
Pubblico
Scienza / Ricerca
Linguaggio di programmazione
Perl
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/rgaat/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
