Questa è l'app Linux denominata SPANDx la cui ultima versione può essere scaricata come SPANDx_v3.2.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata SPANDx con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
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SPANDx
DESCRIZIONE
SPANDx è il tuo strumento unico per identificare le varianti SNP e indel nei genomi aploidi utilizzando i dati NGS.
SPANDx esegue l'allineamento delle letture NGS grezze rispetto al genoma di riferimento o al pan-genoma scelto, seguito da un'accurata identificazione e annotazione delle varianti e dalla determinazione della presenza/assenza del locus. SPANDx produce matrici SNP e indel per analisi filogenetiche a valle. Se specificati, gli SNP e gli indel annotati a livello di genoma possono anche essere identificati e vengono emessi in un formato leggibile dall'uomo. Viene inoltre generata una matrice di presenza/assenza per consentire di identificare il contenuto del genoma principale/accessorio in tutti i genomi.
Gli output generati da SPANDx possono essere importati in PLINK per analisi di studi di associazione del genoma microbico (mGWAS).
SPANDx può utilizzare PBS, SGE o SLURM per la gestione delle risorse. SPANDx può anche essere eseguito direttamente sulla riga di comando se non è disponibile alcun gestore di risorse.
Per la versione più aggiornata di SPANDx, controllaci su GitHub: https://github.com/dsarov/SPANDx
Caratteristiche
- 30nov16: SPANDx 3.2 ora utilizza BWA-mem per allineamenti più rapidi e accurati
- 31 maggio 16: SPANDx 3.1.1 ora funziona su sistemi TORQUE/PBS precedenti alla v2.3.1.
- 14 feb16: SPANDx 3.1 Il flag -z può ora essere impostato per includere SNP tri- e tetra allelici negli output .nex.
- 26 dic15: SPANDx 3.0 ha molti aggiornamenti tra cui una migliore compatibilità con samtools, una migliore integrazione PLINK per GWAS e può chiamare fino a 9 indel e tutti e quattro gli SNP in un unico locus!
- 05ago15: SPANDx v2.7 ora funziona su SGE, PBS, SLURM e sistemi senza un gestore di risorse.
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Riga di comando
Linguaggio di programmazione
Shell Unix
Categorie
Questa è un'applicazione che può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/spandx/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
