Questa è l'app di Windows denominata LoopMatcher la cui ultima versione può essere scaricata come loopmatcher1.3.3.rar. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata LoopMatcher con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avvia qualsiasi emulatore online OS OnWorks da questo sito Web, ma migliore emulatore online Windows.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Windows che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione e installala.
- 7. Scarica Wine dai repository software delle tue distribuzioni Linux. Una volta installato, puoi quindi fare doppio clic sull'app per eseguirli con Wine. Puoi anche provare PlayOnLinux, un'interfaccia fantasiosa su Wine che ti aiuterà a installare programmi e giochi Windows popolari.
Wine è un modo per eseguire il software Windows su Linux, ma senza Windows richiesto. Wine è un livello di compatibilità Windows open source in grado di eseguire programmi Windows direttamente su qualsiasi desktop Linux. Essenzialmente, Wine sta cercando di re-implementare abbastanza Windows da zero in modo che possa eseguire tutte quelle applicazioni Windows senza effettivamente bisogno di Windows.
IMMAGINI
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Loop Matcher
DESCRIZIONE
LoopMatcher è uno strumento di bioinformatica che ricerca strutture a forcina in sequenze di cDNA/mRNA (in formato FASTA, GenBank o Vienna) con sequenze di consenso specifiche nel ciclo. Utilizza RNAfold per prevedere la struttura della sequenza e UShuffle per generare sequenze casuali con una frequenza k nucleotidica definita. Inoltre, le sequenze in formato GenBank possono essere scaricate direttamente da NCBI utilizzando l'ID di accesso NCBI.
Requisiti
JAVA Runtime 8. Si consiglia vivamente di disporre di un processore multicore per elaborare sequenze di grandi dimensioni.
* Attualmente, questa versione funziona solo in Windows x64.
Caratteristiche
- Supporto ai file in formato GenBank, FASTA e Vienna
- Elabora uno o più file
- Ottieni ed elabora sequenze da NCBI
- Cerca più modelli utilizzando il codice FASTA IUPAC per i nucleotidi
- Genera versioni mescolate con un parametro k-let (algoritmo Ushuffle)
- Risulta in una tabella in formato CSV
- Due modalità di piegatura, localizzata o globale (intera sequenza)
- Piegatura con RNAFold (struttura a energia libera minima)
Pubblico
Scienza/Ricerca, Istruzione
Interfaccia utente
Altalena Java
Linguaggio di programmazione
Java
Ambiente database
Archivio base
Categorie
Questa è un'applicazione che può essere recuperata anche da https://sourceforge.net/projects/find-a-loop/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri Sistemi Operativi gratuiti.