Questa è l'app Windows denominata PBSuite la cui ultima versione può essere scaricata come PBSuite_15.8.24.tgz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app chiamata PBSuite con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avvia qualsiasi emulatore online OS OnWorks da questo sito Web, ma migliore emulatore online Windows.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Windows che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione e installala.
- 7. Scarica Wine dai repository software delle tue distribuzioni Linux. Una volta installato, puoi quindi fare doppio clic sull'app per eseguirli con Wine. Puoi anche provare PlayOnLinux, un'interfaccia fantasiosa su Wine che ti aiuterà a installare programmi e giochi Windows popolari.
Wine è un modo per eseguire il software Windows su Linux, ma senza Windows richiesto. Wine è un livello di compatibilità Windows open source in grado di eseguire programmi Windows direttamente su qualsiasi desktop Linux. Essenzialmente, Wine sta cercando di re-implementare abbastanza Windows da zero in modo che possa eseguire tutte quelle applicazioni Windows senza effettivamente bisogno di Windows.
IMMAGINI
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PB Suite
DESCRIZIONE
Attualmente ospita due progetti creati e gestiti da Adam English.
PBJelly - lo strumento di aggiornamento del genoma.
PBHoney - lo strumento di scoperta delle variazioni strutturali
Entrambi sono contenuti nel codice PBSuite che si trova nei download.
----- PBJelly -----
Leggi il documento
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0047768
PBJelly è una pipeline altamente automatizzata che allinea letture di sequenziamento lunghe (come le letture PacBio RS o le letture lunghe 454 in formato fasta) a assemblaggi di bozze ad alta sicurezza. PBJelly riempie o riduce il maggior numero possibile di gap catturati per produrre bozze di genomi aggiornati.
----- PBTesoro -----
Leggi il documento
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/15/180/abstract
PBHoney è un'implementazione di due approcci di identificazione delle varianti progettati per sfruttare l'elevata mappabilità di letture lunghe (cioè maggiori di 10,000 bp). PBHoney considera sia la discordanza intra-lettura che le code morbide delle letture lunghe per identificare le varianti strutturali.
Caratteristiche
- Assemblaggio del genoma
- Aggiornamento del genoma
- Variazione strutturale
- Valutazione dell'assemblaggio
Pubblico
Scienza / Ricerca
Linguaggio di programmazione
Python
Categorie
Questa è un'applicazione che può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/pb-jelly/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
