זוהי הפקודה asn2ff שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
asn2ff - המרת נתונים ביולוגיים של ASN.1 לפורמט שטוח (גרסה ישנה)
תַקצִיר
asn2ff [-] [-A X] [-B X] [-C] [-G] [-L F] [-M] [-R] [-V F] [-a שם הקובץ] [-b] [-d] [-e]
[-f b/p/e/s/x/z] [-g] [-h F] [-k F] [-l שם הקובץ] [-m r/d/s/c/k/l/e/p] [-n F]
[-o שם הקובץ] [-p F] [-q] [-r שם הקובץ] [-s] [-t] [-v F] [-w] [-y] [-z]
תיאור
asn2ff ממירה תיאורים של רצפים ביולוגיים מפורמט ASN.1 של NCBI לאחד
מספר פורמטים של קבצים שטוחים. תוכנית זו בנויה סביב ממשק שהוצא משימוש; אנא
להשתמש asn2gb(1) במקום.
אפשרויות
סיכום האפשרויות כלול להלן.
- הדפס הודעת שימוש
-A X הצג אזור החל מ- X (ברירת המחדל היא 0)
-B X הצג אזור שמסתיים ב X (ברירת המחדל היא המיקום האחרון)
-C הצג הערות של Bankit
-G הפלט הוא ביוסק עליון אחד רק בתצוגת הגנום
-L F השתמש בפורמט קו LOCUS ישן (קדם-Genbank 127.0).
-M הפלט הוא bioseqs של מפה בלבד
-R לשחרור GenBank
-V F אל תשתמש ב-VERSION
-a שם הקובץ
שם קובץ עבור קלט ASN.1 (ברירת המחדל היא stdin)
-b קלט asnfile במצב בינארי
-d השתמש באינדקס של SeqMgr
-e הקלט הוא ערך Seq
-f b/p/e/s/x/z
פורמט פלט:
b GenBank (ברירת מחדל)
p GenPept
e EMBL
s PseudoEMBL
x GenBankSelect
z EMBLPEPT
-g הצג מספרי gi
-h F הסתר רצף
-k F אל תשתמש בקבוצות מורכבות (פי-סט, mut-set, pop-set)
-l שם הקובץ
יומן שגיאות ל שם הקובץ
-m r/d/s/c/k/l/e/p
מצב פלט:
שחרור r (ברירת מחדל)
ד מזבלה
s נצנצים
c כרומוסקופ
k dir-sub-debug
l dir-sub
לתקן
p דיווח חלקי
-n F קשירת גנים קפדנית
-o שם הקובץ
שם קובץ פלט (ברירת המחדל היא stdout)
-p F השמט תכונות גנים חדשות
-q הפלט הוא bioseq אחד עליון בלבד
-r שם הקובץ
קובץ יומן שגיאות פלט (ברירת המחדל היא stderr)
-s הקלט הוא שליחה של Seq
-t הצג טקסט מילולי של הודעה
-v F דחק הודעות שגיאה
-w השתמש בפורמט פלט HTML
-y הדפס פורמט עזרה בלבד
-z אלגוריתם חדש לשמות ארגונים
השתמש ב-asn2ff באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
