זוהי הפקודה ביו-קשת שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו בחינם כגון אובונטו אונליין, פדורה אונליין, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
rainbow - דף מדריך עבור rainbow 2.0.4 --[מוגן בדוא"ל], [מוגן בדוא"ל]>
תַקצִיר
קשת [אפשרויות]
תיאור
קשת 2.0.4 -- <[מוגן בדוא"ל], [מוגן בדוא"ל]>
אשכול
פורמט קובץ קלט: קבצי fasta/fastq מזווגים פורמט קובץ פלט:
\t \t \t
-1 קלט קובץ fasta/fastq, תומך במספר '-1'
-2 קלט קובץ fasta/fastq, תומך במספר '-2' [null]
-l
אורך קריאה, ברירת מחדל: משתנה 0
-m
אי התאמה מקסימלית [4]
-e
סף תואם בדיוק [2000]
-L רמה נמוכה של פולימורפיזם
div
פורמט קובץ קלט: \t \t \t תְפוּקָה
פורמט קובץ:
\t \t \t [\t ]
-i קובץ קלט [stdin]
-o קובץ פלט [stdout]
-k
K_allele, מיני גרסאות ליצירת קבוצה חדשה [2]
-K
K_allele, חלק ללא קשר לתדירות כאשר מספר הגרסאות חורג מהערך הזה
[50]
-f
תדירות, תדירות וריאציה מינימלית ליצירת קבוצה חדשה [0.2]
למזג
פורמט קובץ קלט:
\t \t \t [\t ]
-i קלט קובץ פלט rbasm [stdin]
-a מכלול פלט
-o קובץ פלט עבור contigs ממוזגים, שורה אחת בכל אשכול [stdout]
-N
מספר מקסימלי של אשכולות מחולקים למיזוג [300]
-l
חפיפה מינימלית בעת הרכבת שני קריאות (תקף רק כאשר '-a' נפתח) [5]
-f
חלק מינימלי של דמיון בעת הרכבה (תקף רק כאשר '-a' נפתח)
[0.90]
-r
מספר מינימלי של קריאות להרכבה (תקף רק כאשר '-a' נפתח) [5]
-R
מספר מקסימלי של קריאות להרכבה (תקף רק כאשר '-a' נפתח) [300]
שימוש: קשת בענן [אפשרויות]
אשכול
פורמט קובץ קלט: קבצי fasta/fastq מזווגים פורמט קובץ פלט:
\t \t \t
-1 קלט קובץ fasta/fastq, תומך במספר '-1'
-2 קלט קובץ fasta/fastq, תומך במספר '-2' [null]
-l
אורך קריאה, ברירת מחדל: משתנה 0
-m
אי התאמה מקסימלית [4]
-e
סף תואם בדיוק [2000]
-L רמה נמוכה של פולימורפיזם
div
פורמט קובץ קלט: \t \t \t תְפוּקָה
פורמט קובץ:
\t \t \t [\t ]
-i קובץ קלט [stdin]
-o קובץ פלט [stdout]
-k
K_allele, מיני גרסאות ליצירת קבוצה חדשה [2]
-K
K_allele, חלק ללא קשר לתדירות כאשר מספר הגרסאות חורג מהערך הזה
[50]
-f
תדירות, תדירות וריאציה מינימלית ליצירת קבוצה חדשה [0.2]
למזג
פורמט קובץ קלט:
\t \t \t [\t ]
-i קלט קובץ פלט rbasm [stdin]
-a מכלול פלט
-o קובץ פלט עבור contigs ממוזגים, שורה אחת בכל אשכול [stdout]
-N
מספר מקסימלי של אשכולות מחולקים למיזוג [300]
-l
חפיפה מינימלית בעת הרכבת שני קריאות (תקף רק כאשר '-a' נפתח) [5]
-f
חלק מינימלי של דמיון בעת הרכבה (תקף רק כאשר '-a' נפתח)
[0.90]
-r
מספר מינימלי של קריאות להרכבה (תקף רק כאשר '-a' נפתח) [5]
-R
מספר מקסימלי של קריאות להרכבה (תקף רק כאשר '-a' נפתח) [300]
השתמש ב-bio-rainbow באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
