זוהי הפקודה bp_indexp שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
bp_index.pl - אינדקס קבצים לשימוש על ידי bp_fetch.pl
תַקצִיר
bp_index.pl index_name file1 file2 וכו'.
תיאור
bp_index.pl בונה אינדקס ביופרל עבור קבצי הרצף המופיעים ברשימת הארגומנטים,
תחת שם האינדקס. לדוגמה
bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta
יבנה אינדקס בשם 'nrdb' כשם האינדקס עבור הקובץ nrdb.fasta, ו
bp_index.pl -fmt EMBL swiss /data/swiss/*.dat
יבנה אינדקס שנקרא swiss עבור כל הקבצים ב-/data/swiss המסתיימים ב-.dat which
הם בפורמט EMBL.
האינדקסים נבנים באמצעות מודולי Bio/Index/*, בפרט, Bio::Index::EMBL ו
מודולי Bio::Index::Fasta. כל סקריפט שמשתמש במודולים האלה יכול להשתמש באינדקס. א
דוגמה טובה לסקריפט הוא bp_fetch אשר מביא רצפים ומעביר אותם ל-STDOUT, עבור
דוגמה
bp_fetch swiss:ROA1_HUMAN
מקבל את רצף ROA1_HUMAN מהאינדקס השוויצרי וכותב אותו כפורמט fasta ב-STDOUT.
אפשרויות
-fmt - Fasta (ברירת מחדל), Swiss או EMBL
-dir - ספרייה שבה נמצאים קבצי האינדקס
(עוקף את משתנה הסביבה BIOPERL_INDEX)
אפשרויות לשימוש מומחים
-סוּג - סוג DBM_file.
(עוקף את משתנה הסביבה BIOPERL_INDEX_TYPE)
-v - דווח על כל הוספת אינדקס (ניפוי באגים)
הסביבה
bp_index ו-bp_fetch קואורדינטות היכן שבסיסי הנתונים נמצאים באמצעות משתנה הסביבה
BIOPEL_INDEX. ניתן לעקוף זאת באמצעות האפשרות -dir. אין ערך ברירת מחדל, אז
עליך להשתמש באפשרות -dir או להגדיר BIOPERL_INDEX.
סוג ה-DB מתואם עם BIOPERL_INDEX_TYPE שאם הוא לא שם, ברירת המחדל היא
לא משנה מה המודולים של ביופרל התקינו, שהוא עצמו כברירת מחדל ל-SDBM_File.
משתמש IT את עצמך
bp_index.pl הוא סקריפט שמניע את מודולי האינדקס. אם אתה רוצה להשתמש בסקריפט הזה
בכבדות בעבודה שלך, אם היא מבוססת על פרל, כמעט בטוח שעדיף להסתכל על
קוד בסקריפט הזה והעתיקו אותו (כנראה יש סיכוי גבוה יותר שתרצו להשתמש
קוד bp_fetch).
מַאֲרִיך IT
bp_index הוא רק מעטפת סביב מודולי האינדקס המצוינים של ג'יימס גילברט שנמצאו בביופרל
מָשׁוֹב
תפוצה רשימות
משוב משתמשים הוא חלק בלתי נפרד מההתפתחות של מודול זה ושל מודולים אחרים של ביופרל. לִשְׁלוֹחַ
ההערות וההצעות שלך רצוי לרשימת התפוצה של ביופרל. השתתפותך
מוערך מאוד.
[מוגן בדוא"ל] - דיון כללי
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - לגבי רשימות התפוצה
דווח באגס
דווח על באגים למערכת מעקב באגים ביופרל כדי לעזור לנו לעקוב אחר הבאגים ושלהם
פתרון הבעיה. ניתן להגיש דוחות באגים דרך האינטרנט:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
AUTHOR - יואן בירני
יואן בירני[מוגן בדוא"ל]>
השתמש ב-bp_indexp באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
