bp_revtrans-motifp - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

bp_revtrans-motif - תרגום לאחור של מוטיב חלבון דמוי Profam

גִרְסָה

גרסת 0.01

תַקצִיר

מתוך קובץ:

bp_revtrans-motif.pl -i motifs.txt

שימוש בצינורות:

bp_revtrans-motif.pl < motifs.txt > output.txt

שימוש אינטראקטיבי בשורת הפקודה:

$ bp_revtrans-motif.pl
MAAEEL[VIKP]
1. ATGGCNGCNGARGARYTNVHN
[^P]H(IW){2,3}
2. NDNCAY(ATHTGG){2,3}

תיאור

סקריפט זה לוקח מוטיב חלבוני כקלט ומחזיר אוליגונוקלאוטיד מנוון
רצף המתאים לו. הסיבה העיקרית לעשות זאת היא מנוונת עיצוב
פריימרים שמגבירים דפוס רצף נתון.

מוטיב הקלט מורכב ממחרוזת של שאריות של אות אחת, עם כל אחד מהבאים
אלמנטים תחביריים:

[...] : עמדה מיותרת.
עמדה שבה מותר יותר משארית אחת. דוגמא:

[TS]YW[RKSD]
^^ ^^^^

[^...] : עמדה שלילה.
עמדה שבה כל שאריות מותר, נשמר לאלו שבין סוגריים. דוגמא:

[^PW]MK[LAE]
^^

(...){n,m,...} : מוטיב חוזר.
מוטיב שחוזר על עצמו n or m פִּי. זה יכול להיות כל אחד מהתחביר הקודם
אלמנטים. דוגמא:

A[SN]C(TXX){2,4,8}
^ ^ ^

האותיות המותרות הן אלו המתאימות ל-20 חומצות האמינו הטבעיות, בתוספת:

B = N + D
Z = Q + E
X = הכל

אפשרויות

-i קובץ קלט:
קובץ עם רשימה של מוטיבים לתרגום לאחור.

-h
הצג הודעת עזרה זו.

השתמש ב-bp_revtrans-motifp באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net