cdhit - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

cdhit - רצפים קבצים במהירות

תַקצִיר

cdhit [אפשרויות]

תיאור

====== CD-HIT גרסה 4.6 (נבנה ב-23 בינואר 2016) ======

אפשרויות

-i קלט שם קובץ בפורמט fasta, נדרש

-o שם קובץ פלט, נדרש

-c סף זהות רצף, ברירת מחדל 0.9 זהו ברירת המחדל של CD-hit "global
זהות רצף" מחושב כך: מספר חומצות אמינו זהות ביישור
לחלק באורך המלא של הרצף הקצר יותר

-G השתמש בזהות רצף גלובלי, ברירת מחדל 1 אם מוגדר ל-0, ולאחר מכן השתמש ברצף מקומי
זהות, מחושב כ: מספר חומצות אמינו זהות ביישור חלקי
אורך היישור הערה!!! לא להשתמש -G 0 אלא אם כן אתה משתמש ביישור
בקרות כיסוי ראה אפשרויות -אל, -אל, -כפי ש, -כפי ש

-b רוחב_פס של יישור, ברירת מחדל 20

-M מגבלת זיכרון (בMB) עבור התוכנית, ברירת מחדל 800; 0 ללא הגבלה;

-T מספר שרשורים, ברירת מחדל 1; עם 0, כל המעבדים ישמשו

-n word_length, ברירת מחדל 5, עיין במדריך למשתמש לבחירתו

-l אורך רצפי_זריקה, ברירת מחדל 10

-t סובלנות לעודפות, ברירת מחדל 2

-d אורך התיאור בקובץ clstr, ברירת מחדל 20 אם מוגדר ל-0, זה לוקח את ה-fasta
defline ועוצר ברווח הראשון

-s חתך הפרשי אורך, ברירת מחדל 0.0 אם מוגדר ל-0.9, הרצפים הקצרים יותר צריכים
להיות באורך של לפחות 90% מנציג האשכול

-S חתך הפרש אורך בחומצת אמינו, ברירת מחדל 999999 אם מוגדר ל-60, האורך
ההבדל בין הרצפים הקצרים יותר לבין הנציג של האשכול יכול
לא יהיה גדול מ-60

-אל כיסוי יישור עבור הרצף הארוך יותר, ברירת מחדל 0.0 אם מוגדר ל-0.9, ה
היישור חייב לכסות 90% מהרצף

-אל בקרת כיסוי יישור עבור הרצף הארוך יותר, ברירת המחדל 99999999 אם מוגדרת ל-60,
ואורך הרצף הוא 400, אז היישור חייב להיות >= 340 (400-60)
שאריות

-כפי ש כיסוי יישור עבור הרצף הקצר יותר, ברירת מחדל 0.0 אם מוגדר ל-0.9, ה
היישור חייב לכסות 90% מהרצף

-כפי ש בקרת כיסוי יישור עבור הרצף הקצר יותר, ברירת המחדל 99999999 אם מוגדרת ל-60,
ואורך הרצף הוא 400, אז היישור חייב להיות >= 340 (400-60)
שאריות

-A בקרת כיסוי יישור מינימלית עבור שני הרצפים, יישור ברירת מחדל 0 חייב
cover >= ערך זה עבור שני הרצפים

-uL אחוז מרבי ללא תואם עבור הרצף הארוך יותר, ברירת מחדל 1.0 אם מוגדר ל-0.1,
האזור ללא התאמה (לא כולל פערים מובילים וזנבים) לא יכול להיות יותר מ-10%
של הרצף

-לָנוּ אחוז מרבי ללא תואם עבור הרצף הקצר יותר, ברירת מחדל 1.0 אם מוגדר ל-0.1,
האזור ללא התאמה (לא כולל פערים מובילים וזנבים) לא יכול להיות יותר מ-10%
של הרצף

-U אורך מקסימלי ללא תואם, ברירת מחדל 99999999 אם מוגדר ל-10, האזור ללא תואם
(לא כולל פערים מובילים וזנבים) לא יהיו יותר מ-10 בסיסים

-B 1 או 0, ברירת מחדל 0, כברירת מחדל, רצפים מאוחסנים ב-RAM אם מוגדר ל-1, רצף
מאוחסנים בכונן קשיח מומלץ להשתמש -B 1 עבור מסדי נתונים ענקיים

-p 1 או 0, ברירת המחדל 0 אם מוגדרת ל-1, חפיפת יישור הדפסה בקובץ clstr

-g 1 או 0, ברירת מחדל 0 לפי אלגוריתם ברירת המחדל של cd-hit, רצף מקובץ ל-
אשכול ראשון שעומד בסף (אשכול מהיר). אם מוגדר ל-1, התוכנית תעשה זאת
רכז אותו לאשכול הדומה ביותר שעומד בסף (מדויק אך איטי
מצב) אבל 1 או 0 לא ישנו את הנציגים של אשכולות סופיים

-בק כתוב קובץ אשכול גיבוי (1 או 0, ברירת מחדל 0)

-h להדפיס עזרה זו

שאלות, באגים, צור קשר עם Limin Fu בכתובת [מוגן בדוא"ל], או Weizhong Li ב [מוגן בדוא"ל]
לגירסאות מעודכנות ומידע, בקר בכתובת: http://cd-hit.org

שרת האינטרנט cd-hit זמין גם מ http://cd-hit.org

אם אתה מוצא תקליטורים שימושיים, נא לצטט:

"קיבוץ של רצפים הומולוגיים ביותר כדי להקטין את הגודל של חלבון גדול
מסד נתונים", Weizhong Li, Lukasz Jaroszewski & Adam Godzik. ביואינפורמטיקה, (2001)
17:282-283 "סובלנות של יתירות מסוימת מזרזת באופן משמעותי צבירת קבוצות גדולות
מאגרי מידע של חלבונים", ויז'ונג לי, לוקאש ירוסבסקי ואדם גודז'יק. ביואינפורמטיקה,
(2002) 18:77-82

השתמש ב-cdhit באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net