זוהי הפקודה delta2maf שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
delta2blocks - כלי נוסף עבור מאמר מחלק של mugsy למיון יישורים
delta2maf - כלי נוסף למאמר, החל מתיקון של מאגסי ועד ליישור מיון
תַקצִיר
delta2blocks [אפשרויות]<refמזהה><qryמזהה>
delta2maf [אפשרויות]<refמזהה><qryמזהה>
תיאור
-h הצג מידע עזרה
-q מיין יישורים לפי קואורדינטת התחלת השאילתה
-r מיין יישורים לפי קואורדינטת תחילת ההפניה
-w int הגדר את רוחב המסך - ברירת המחדל היא 60
-x int הגדר את סוג המטריצה - ברירת המחדל היא 2 (BLOSUM 62), אפשרויות אחרות כוללות 1 (BLOSUM 45)
ו-3 (BLOSUM 80)
הערה: יש השפעה רק על יישור חומצות אמינו
קלט הוא פלט .delta של התוכנית "nucmer" או "promer" המועברת ב-
שורת הפקודה.
הפלט הוא ל-stdout, והוא מורכב מכל היישורים בין השאילתה להפניה
רצפים שזוהו בשורת הפקודה.
הערה: לא נעשה מיון כברירת מחדל, לכן היישורים יסדרו כפי שנמצאו ב
ה קֶלֶט.
השתמש ב-delta2maf באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
