זהו דסימולטור הפקודות שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
dsimulator - יצירת קריאות סינתטיות עבור גנום אקראי
תַקצִיר
dsimulator ג'נלן:כפול [-cכפול (20.)] [-bכפול (.5)] [-rint] [-mint(10000)]
[-sint(2000)][-xint(4000)] [-eכפול (.15)][-Mפילה]
תיאור
dsimulator תחילה מייצר גנום מזויף בגודלו ג'נלן*אורך 1Mb, בעל הטיית AT של
-b. לאחר מכן הוא יוצר קריאות מדגם באורך ממוצע -m מאורך לוג-נורמלי
התפלגות עם סטיית תקן -s, אך מתעלם מקריאות באורך פחות מ -x. זה
אוסף מספיק קריאות כדי לכסות את הגנום -c פעמים ומציג -e שבר שגיאות לתוך
כל קריאה כאשר היחס בין ההוספות, המחיקות וההחלפות מוגדרים לפי הגדרה
קבועים INS_RATE (ברירת מחדל 73%) ו-DEL_RATE (ברירת מחדל 20%) בתוך gener.c. אחד יכול
גם לשלוט בקצב שבו הקריאות נבחרות מהקווים קדימה ואחורה על ידי
הגדרת הקבוע המוגדר FLIP_RATE (ברירת מחדל 50/50). ה -r אפשרות זריעה את האקראי
מחולל מספרים ליצירת הגנום כך שניתן ליצור באופן שחזור
אותו גנום בסיס לדגימה ממנו. אם הפרמטר הזה חסר, אז מזהה העבודה
של הקריאה מזרז את מחולל המספרים האקראיים. הפלט נשלח לתקן
פלט (כלומר זה צינור UNIX). הפלט הוא בפורמט Pacbio .fasta מתאים כקלט
ל fasta2DB(1). סוף - סוף, ה -M אפשרות מבקשת שהקואורדינטות שמהן כל אחד קורא
שנדגמו נכתבים לקובץ המצוין, שורה אחת לכל קריאה, מקודדת ASCII.
קובץ "מפה" זה בעצם אומר לאן כל קריאה שייכת למכלול והוא מאוד
שימושי למטרות איתור באגים ובדיקה. אם צמד קריאה הוא אמור b,e אז אם b < e the
הקריאה נדגמה מ-[b,e] בכיוון קדימה, ואם b > e מ-[e,b] ב-
כיוון הפוך.
השתמש ב-dsimulator באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
