fastaq-filter - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

fastaq_filter - סינון רצפים כדי לקבל תת-קבוצה שלהם

תיאור

שימוש: fastaq_filter [אפשרויות]

מסנן קובץ רצף לפי אורך רצף ו/או לפי שם התואם לביטוי רגולרי

מקומי טיעונים:
infile שם קובץ הקלט שיש לסנן

אוסף
שם קובץ הפלט

אופציונלי טיעונים:
-h, - עזרה
הצג הודעת עזרה זו וצא

--min_length INT
אורך מינימלי של רצף כדי לשמור על [0]

--אורך מקסימלי INT
אורך מקסימלי של רצף לשמירה [inf]

--רגקס REGEX
אם ניתן, רק קריאות עם שם התואם לביטוי הרגולרי יישמרו

--ids_file שם קובץ
אם יינתן, ייעשה שימוש רק בקריאה שהזיהוי שלהן נמצא בקובץ הנתון. מזהה אחד לכל שורה של
קובץ.

-v, --לַהֲפוֹך
שמור רק רצפים שאינם תואמים למסננים

מייט פילה ל לקרוא זוגות אפשרויות:
--mate_in שם קובץ
שם קובץ הקלט של בני זוג. אם נעשה שימוש, חייב גם לספק --mate_out

--mate_out שם קובץ
שם קובץ הפלט של חברים

--שניהם_חברים_עוברים
כברירת מחדל, אם אחד מבני הזוג עובר מסנן, שניהם קוראים פלט. השתמש בדגל זה כדי
דורשים ששני הקריאות של זוג יעברו את המסנן

השתמש ב-fastaq-filter באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net