זהו הפקודה fuzznuce שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
fuzznuc - חיפוש דפוסים ברצפי נוקלאוטידים
תַקצִיר
fuzznuc -סדר פעולות המשך -תבנית דפוס -מַשׁלִים בוליאני -תיק לדווח
fuzznuc עזרה
תיאור
fuzznuc היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("האירופה מולקולרית ביולוגיה פתוחה
חבילת תוכנה"). זה חלק מקבוצת הפקודות "גרעין:מוטיבים".
אפשרויות
קֶלֶט סעיף
-סדר פעולות המשך
-תבנית דפוס
נעשה שימוש בקודי IUPAC הסטנדרטיים בני אות אחת עבור הנוקלאוטידים. הסמל 'n' הוא
משמש לעמדה שבה כל נוקלאוטיד מתקבל. אי בהירות מסומנות על ידי
פירוט הנוקלאוטידים המקובלים עבור מיקום נתון, בין סוגריים מרובעים '[
]'. לדוגמה: [ACG] מייצג A או C או G. עמימות מסומנות גם על ידי
רישום בין זוג סוגריים מסולסלים '{ }' את הנוקלאוטידים שאינם מקובלים
בעמדה נתונה. לדוגמה: {AG} מייצג כל נוקלאוטידים מלבד A ו-G. כל אחד
אלמנט בתבנית מופרד מהשכן שלו באמצעות '-'. (אופציונלי ב-fuzznuc).
ניתן לציין חזרה על אלמנט מהתבנית על ידי מעקב אחר אלמנט זה
עם ערך מספרי או טווח מספרי בין סוגריים. דוגמאות: N(3)
מתאים ל-NNN, N(2,4) מתאים ל-NN או NNN או NNNN. כאשר דפוס הוא
מוגבל לקצה 5' או 3' של רצף, הדפוס הזה מתחיל ב-a
סמל '<' או מסתיים בסמל '>' בהתאמה. תקופה מסיימת את הדפוס.
(אופציונלי ב-fuzznuc). לדוגמה, [CG](5)TG{A}N(1,5)C
מתקדם סעיף
-מַשׁלִים בוליאני
ערך ברירת מחדל: N
תְפוּקָה סעיף
-תיק לדווח
השתמש ב-fuzznuce באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
