gdcm2vtk - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gdcm2vtk - המר קובץ הנתמך על ידי VTK ל-DICOM.

תַקצִיר

gdcm2vtk [אפשרויות] קובץ-in file-out

תיאור

אל האני gdcm2vtk לוקח כקלט כל קובץ שנתמך על ידי VTK (כולל קובץ DICOM) ויהיה
ליצור כפלט קובץ DICOM.

פרמטרים

שם קובץ קלט בקובץ (נתמכים בDICOM או VTK)

שם קובץ פלט פלט קובץ (נתמכים בDICOM או VTK)

אפשרויות

ספציפי אפשרויות
--כוח-סולם מחדש כוח קנה מידה מחדש.
--מרווח כוח מרווח.
--palette-color כאשר נתמך יוצר קובץ PALETTE COLOR.
--argb כאשר נתמך יוצר קובץ ARGB.
--compress כאשר נתמך צור קובץ דחוס.
--use-vtkdicom השתמש ב-vtkDICOMImageReader (במקום GDCM).
--מודלי סט מודאליות.
--תחתון-שמאל סט למטה משמאל.
--משמרת סט משמרת.
--קנה מידה קבע קנה מידה.
--דחיסה סט דחיסה (MetaIO).
-T --study-uid מחקר UID.
-S --series-uid סדרת UID.
--root-uid Root UID.

דְחִיסָה אפשרויות
-J --jpeg דחוס תמונה ב-jpeg.
-K --j2k דחוס תמונה ב-j2k.
-L --jpegls דחוס תמונה ב-jpeg-ls.
-R --rle דחוס תמונה ב-rle (ללא הפסדים בלבד).

כללי אפשרויות
-h --עזרה
הדפס את טקסט העזרה הזה וצא

-v --גרסה
הדפס מידע על גרסה ויציאה

-V --רבות
מצב מילולי (אזהרה+שגיאה).

-W --אזהרה
מצב אזהרה, הדפס מידע אזהרה

-E --שגיאה
מצב שגיאה, הדפס מידע שגיאה

-D --באגים
מצב ניפוי באגים, הדפס מידע על ניפוי באגים

סביבה משתנה
GDCM_ROOT_UID UID שורש

תיאור

המר קובץ הנתמך על ידי VTK ל-DICOM.

שימוש אופייני הוא:

$ gdcm2vtk קובץ input output.dcm

הוא משתמש במנגנון המפעל הפנימי של VTK כדי לזהות קובץ (פונקציית CanRead). לִרְאוֹת
קובץ נתמך ב-VTK כאן:

אילו פורמטים של קבצי תמונה יכול VTK לקרוא ולכתוב? http://www.vtk.org/Wiki/VTK_FAQ#What_image_file_formats_can_VTK_read_and_write.3F

אם לקובץ הקלט שלך יש 4 רכיבים, הקומפ הרביעי (אלפא) יוסר מהפלט
הקובץ שכן DICOM אינו תומך יותר ברכיב אלפא (ראה אפשרות –argb).

זהירות מיוחדת ננקטה לפורמט הקובץ הבא:

1. DICOM: Direction Cosines ו-vtkMedicalImageInformation מועברים לפלט
2. BMP: ניתן לשמור את הקובץ עם טבלת חיפוש (ראה --palette-color)
3. GE Signa: vtkMedicalImageProperties מועבר לפלט
4. MINC: כיוון קוסינוס מועבר לפלט
5. TIFF: vtkTIFFReader נמצא כרגע במצב רע ב-VTK (התנהגות שונה ב-VTK 5.2 וב-git/master). השתמש בו רק אם אתה יודע מה אתה עושה.

להמיר MetaImage (mhd, מהא)
$ gdcm2vtk inputfile output.mha

פקודה זו תמיר את קובץ ה-DICOM הקלט: inputfile לקובץ MetaImage .mha. אותו
מתאים לקובץ .mhd.

להמיר MHA/MHD
$ gdcm2vtk inputfile output.mha

or

$ gdcm2vtk inputfile output.mhd

פקודה זו תמיר את קובץ ה-DICOM הקלט: inputfile ל-MetaImageData .mha/.mhd
קובץ.

להמיר VTI
$ gdcm2vtk קובץ input output.vti

פקודה זו תמיר את קובץ הקלט DICOM: inputfile לקובץ XML VTK ImageData .vti
קובץ.

להמיר VTK
$ gdcm2vtk קובץ input output.vtk

פקודה זו תמיר את קובץ ה-DICOM הקלט: inputfile ל-VTK Structured ישן
קובץ PointSets .vtk.

להמיר דיקום

$ gdcm2vtk input.dcm output.dcm

vtkGDCMImageReader ישמש לקריאה בקובץ DICOM, לא ברירת המחדל
vtkDICOMImageReader. ראה אפשרות -use-vtkdicom כדי להשתמש ב-vtkDICOMImageReader.

נסיעה הלוך ושוב דיקום ל MHD ל דיקום

$ gdcm2vtk input_ybr.dcm output.mhd
$ gdcm2vtk --modality US --imageformat 7 output.mhd output.dcm

הקטע שלמעלה מראה כיצד להמיר DICOM באמצעות הפרשנות הפוטומטרית של
YBR_FULL (או אפילו YBR_FULL_422 אובדן) לפורמט קובץ אחר: MetaImage (mhd). מאז
פורמט קובץ זה אינו מטפל במרחב הצבע, עלינו להגדיר אותו במפורש באמצעות ה
-אפשרות שורת הפקודה imageformat. אפשרות שורת הפקודה –modality נדרשת בכך
במקרה שכן משפחת ברירת המחדל של Secondary Capture Image Storage Class אינה מאפשרת YBR
פרשנות פוטומטרית.

GDCM2VTK אורים

הערה חשובה: ה-VTK הפנימי מובנה ימולא מהקלט DICOM, ולאחר מכן
להעביר לכותב הפלט DICOM. ייתכן שמידע מסוים יאבד במהלך ההמרה
DICOM ל-VTK ל-DICOM. אפשרות זו משמשת בעיקר כדי לבדוק את
שילוב vtkGDCMImageReader/vtkGDCMImageWriter.

הערה חשובה: בעת המרה מפורמט הפסד כמו JPEG, המידע של
אובדן זה חשוב. הפלט DICOM יכיל את התמונה Lossy הנדרשת
תכונת דחיסה שמציינת שהתמונה נדחסה עם אובדן איפשהו לאורך
צנרת. ראה גם gdcmimg (טיפול טוב יותר ב-JPEG באופן כללי).

הערה חשובה: בעת שימוש ב-use-vtkdicom קובץ הפלט DICOM ייכתב תמיד כ
MR Image Storage מכיוון שמידע זה אינו זמין מהקורא עצמו. זה מאפשר
הגדרת כיוון התמונה (מטופל) כהלכה.

השתמש ב-gdcm2vtk באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net