genome-music-survivalp - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

הישרדות מוזיקת ​​גנום - צור מזימות הישרדות וערכי P לקליניים ומוטציות
פנוטיפים.

גִרְסָה

מסמך זה מתאר את הישרדות מוזיקת ​​הגנום גרסה 0.04 (2016-01-01 בשעה 23:10:18)

תַקצִיר

הישרדות מוזיקת ​​הגנום --bam-list=? --output-dir=? [--maf-file=?] [--דלג-שקט]
[--genetic-data-type=?] [--numeric-clinical-data-file=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--glm-clinical-data-file=?]
[--phenotypes-to-include=?] [--legend-placement=?] [--skip-non-coding]

... הישרדות מוזיקה \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--numeric-clinical-data-file /path/myNumericData.tsv \
--categorical-clinical-data-file /path/myClassData.tsv \
--output-dir /path/output_directory

... הישרדות מוזיקה \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--glm-clinical-data-file /path/myGLMClinicalData.tsv \
--output-dir /path/output_directory

... הישרדות מוזיקה \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--גנטיק-נתונים מסוג 'גן' \
--glm-clinical-data-file /path/myGlmClinicalData.tsv \
--phenotypes-to-include 'גזע,מגדר,TP53' \
--output-dir /path/output_directory

נדרש טיעונים

באם-רשימת טקסט
רשימת שמות מדגם שיש לכלול בניתוח. (ראה תיאור)

פלט-dir טקסט
ספרייה שבה ייכתבו קבצי פלט

אופציונאלי טיעונים

קובץ maf טקסט
רשימת מוטציות בפורמט MAF

דילוג-שקט בוליאני
דלג על מוטציות שקטות מקובץ ה-MAF שסופק

ערך ברירת המחדל 'true' אם לא צוין

noskip-silent בוליאני
הפוך 'שקר' לדלג-שקט

גנטי-נתונים-סוג טקסט
מתאם נתונים קליניים לנתונים ברמה של "גן" או "וריאנט".

ערך ברירת המחדל 'גן' אם לא צוין

קובץ נתונים-מספריים-קליניים טקסט
טבלת דגימות (y) לעומת קטגוריית נתונים קליניים מספריים (x)

קובץ נתונים-קטגורי-קליני טקסט
טבלת דגימות (y) לעומת קטגוריית נתונים קליניים קטגוריים (x)

glm-clinical-data-file טקסט
תכונות קליניות, פרופילים מוטציות, נתונים קליניים מעורבים אחרים (ראה תיאור).

פנוטיפים לכלול טקסט
כלול רק גנים ו/או פנוטיפים אלה בניתוח. (מופרד בפסיק)

אגדה-מיקום טקסט
בחר אחד מ'שמאל למטה', 'למעלה משמאל', 'מימין למעלה' או 'ימין למטה'.

ערך ברירת המחדל 'bottomleft' אם לא צוין

דילוג על אי קידוד בוליאני
דלג על מוטציות שאינן מקודדות מקובץ ה-MAF שסופק

ערך ברירת המחדל 'true' אם לא צוין

noskip-non-coding בוליאני
הפוך את הדילוג ללא קידוד ל'false'

תיאור

פקודה זו מבצעת ניתוח הישרדות ומתווה עקומות הישרדות עבור נתונים מוטציות, כמו
כמו גם כל מאפיינים קליניים בעלי עניין כפי שצוינו באמצעות הקלט --phenotypes-to-include
פָּרָמֶטֶר. הניתוחים שבוצעו כוללים את אומדן קפלן-מאייר ואחריו את הקוקס
מודל סיכונים פרופורציונליים. התפוקות עבור כל גן/תכונה קלינית מנותחת כוללות הישרדות
עקומות, יחס סיכון (עם רווחי סמך), וערכי P ו-FDR המתארים את
משמעות ההבדל בין ניצולים ללא ניצולים.

כל קבצי הנתונים הקליניים מחפשים את ה-"vital_status" הנדרש (לא תלוי רישיות)
ועמודות "days_to_last_followup" המותאמות לפנוטיפים באמצעות מזהים לדוגמה עבור
ניתוח הישרדות. העמודה הראשונה של כל קבצי הנתונים הקליניים חייבת להכיל את המדגם
תעודות זהות, כמו בכלי MuSiC אחרים. כברירת מחדל, ניתוח מתבצע על כל גן קיים
ב-MAF. לחלופין, הניתוח עשוי להיות מוגבל לגנים ספציפיים בלבד על ידי רישום שלהם
(מופרד בפסיק) אחרי פרמטר הקלט --phenotypes-to-include. ניתוח הישרדות עשוי
להתבצע גם בעמודות אחרות בקובץ הנתונים הקליניים על ידי הוספת כותרות העמודות
לרשימת הערכים שצוינו אחרי פרמטר הקלט --phenotypes-to-include.

להלן כמה קווים כלליים ליצירת קבצי קלט נתונים קליניים:

· נדרשות כותרות.

· העמודה הראשונה של כל קובץ נתונים קליניים חייבת להכיל מזהים לדוגמה התואמים לאלה
הן ברשימת --bam-list והן ברשימת הווריאציות של MAF (ב-MAF, זהו ה-
Tumor_Sample_Barcode, במיוחד).

· לפחות באחד מקבצי הנתונים הקליניים הקלט, עמודות עם כותרות "Vital_status"
ו-"days_to_last_followup" (לא תלוי רישיות) חייב להתקיים. "מצב_חיוני" חייב להיות
מסומן על ידי 1 ו-0, כאשר 0 מציין 'חי', ו-1 מציין 'מת'.

שימו לב שכל קבצי הקלט חייבים להיות מופרדים בטאבים.

טיעונים

--bam-list
ספק קובץ המכיל שמות לדוגמה ומיקומי BAM נורמליים/גידוליים עבור כל אחד מהם. להשתמש
הפורמט המופרד בטאבים [sample_name normal_bam tumor_bam] לכל שורה. הכלי הזה בלבד
צריך sample_name, כך שניתן לדלג על כל שאר העמודות. ה-example_name חייב להיות ה-
זהה לשמות דגימת הגידול המשמשים בקובץ MAF (עמודה 16, עם הכותרת
גידול_דגימת_ברקוד).

השתמש ב-genome-music-survivalp באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net