זוהי הפקודה glam2-purge שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
glam2-purge - מסיר רצפים מיותרים מקובץ FASTA
תַקצִיר
גלאם2-טיהור פילה ציון [אפשרויות]
תיאור
גלאם2-טיהור הוא גרסה שונה של אנדרו נווואלד לטהר תוכנית שמסירת מיותר
רצפים מקובץ FASTA. זה מומלץ על מנת למנוע דומה מאוד
רצפים המעוותים את החיפוש אחר מוטיבים. טיהור עובד עם DNA או חלבון
רצפים ויוצר קובץ פלט כך שלאף שני רצפים יש מקומי (ללא פערים).
ציון יישור גבוה מסף שצוין על ידי המשתמש. שם קובץ הפלט
. . ציון היישור מבוסס על מטריצת BLOSUM62 לחלבונים, ועל א
סכימת ניקוד +5/-1 עבור DNA. ניתן להשתמש בטיהור גם כדי להסוות חזרות טנדם. הוא משתמש ב-
תוכנית XNU למטרה זו.
אפשרויות
-n
רצפים הם DNA (ברירת מחדל: חלבון).
-b
השתמש בשיטה היוריסטית לפיצוץ (ברירת מחדל לחלבון).
-e
השתמש בשיטה ממצה (ברירת מחדל עבור DNA).
-q
שמור על הרצף הראשון בסט.
-x
השתמש ב-xnu כדי להסוות חזרות של טנדם חלבון.
השתמש ב-glam2-purge באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
