gmap - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmap - תוכנית מיפוי ויישור גנומי

תַקצִיר

gmap [אפשרויות...] <FASTA קבצים...>, or חתול | gmap [אפשרויות...]

אפשרויות

קֶלֶט אפשרויות (צריך לכלול -d or -g)
-D, --dir=בספרייה
ספריית הגנום. ברירת מחדל (כפי שצוין על ידי --עם-gmapdb לתוכנית התצורה)
is /var/cache/gmap

-d, --db=STRING
מסד נתונים של הגנום. אם הטיעון הוא '?' (עם המירכאות), פקודה זו רשומה
מאגרי מידע זמינים.

-k, --קמר=INT
גודל קמר לשימוש במסד הנתונים של הגנום (ערכים מותרים: 16 או פחות). אם לא
שצוין, התוכנית תמצא את גודל הקמר הזמין הגבוה ביותר בגנום
מסד נתונים

--דְגִימָה=INT
דגימה לשימוש במסד הנתונים של הגנום. אם לא צוין, התוכנית תמצא את
ערך הדגימה הקטן ביותר הזמין במסד הנתונים של הגנום בגודל k-mer נבחר

-G, --גנומי
השתמש בגנום מלא (כל תווי ASCII מותרים; נבנה במפורש במהלך ההגדרה), לא
גרסה דחוסה

-g, --gseg=שם הקובץ
מקטע גנומי שסופק על ידי המשתמש

-1, --מישור עצמי
יישר רצף אחד מול עצמו בפורמט FASTA באמצעות stdin (שימושי לקבלת
תרגום חלבון של רצף נוקלאוטידים)

-2, - יישור זוג
יישר שני רצפים בפורמט FASTA באמצעות stdin, הראשון הוא גנומי והשני
אחד מהם הוא cDNA

--cmdline=STRING,חוּט
יישר את שני הרצפים שסופקו בשורת הפקודה, כאשר הראשון הוא גנומי ו
השני הוא cDNA

-q, --חֵלֶק=INT/INT
עבד רק את ה-i מתוך כל n רצפים, למשל 0/100 או 99/100 (שימושי עבור
הפצת משרות לחוות מחשבים).

---input-buffer-size=INT
גודל מאגר הקלט (התוכנית קוראת כל כך הרבה רצפים בו-זמנית לצורך יעילות)
(ברירת מחדל 1000)

אפשרויות חישוב

-B, --קבוצה=INT
מצב אצווה (ברירת מחדל = 2)

מצב קיזוז מיקום גנום
0 ראה הערה mmap mmap
1 ראה הערה mmap וטען מראש mmap
(ברירת מחדל) 2 ראה הערה mmap & טעינה מראש mmap & טעינה מראש
3 ראה הערה הקצאת mmap & טעינה מראש
4 ראה הערה להקצות להקצות
5 להרחיב להקצות להקצות

הערה: עבור רצף בודד, כל מבני הנתונים משתמשים ב-mmap
אם mmap לא זמין והקצאה לא נבחרה, אז ישתמש ב-filio (איטי מאוד)

הערה אודות --קבוצה וקיזוזים: ניתן לשלוט בהרחבת הקיזוזים
באופן עצמאי על ידי --הרחבת קיזוז דֶגֶל. ה --קבוצה=5 האופציה שווה ל
--קבוצה=4 ועוד --הרחבת קיזוז=1

--הרחבת קיזוז=INT
האם להרחיב את אינדקס הקיזוז הגנומי ערכים: 0 (לא, ברירת מחדל), או 1 (כן).
הרחבה נותנת יישור מהיר יותר, אך דורשת יותר זיכרון

--חיתוך
מכבה את השחבור (שימושי ליישור רצפים גנומיים על גנום)

--min-intronlength=INT
אורך מינימלי לאינטרון פנימי אחד (ברירת מחדל 9). מתחת לגודל הזה, פער גנומי
ייחשב כמחיקה ולא כאינטרון.

-K, --intronlength=INT
אורך מקסימלי עבור אינטרון פנימי אחד (ברירת מחדל 200000)

-w, ---localsplicedist=INT
אורך מקסימלי עבור אתרי שחבור ידועים בקצוות הרצף (ברירת מחדל 2000000)

-L, --אורך כולל=INT
אורך אינטרון כולל מרבי (ברירת מחדל 2400000)

-x, --כימרה-שוליים=INT
כמות הרצף הלא מיושר שמפעיל את החיפוש אחר הרצף הנותר
(ברירת מחדל 30). מאפשר יישור של קריאות כימריות, ועשוי לעזור בחלק מהן
קריאות לא כימריות. כדי לכבות, הגדר לאפס.

--ללא כימרות
מכבה את מציאת כימרות. אותה השפעה כמו --כימרה-שוליים=0

-t, --nthreads=INT
מספר חוטי עובדים

-c, --chrsubset=מחרוזת
הגבל את החיפוש לכרומוזום נתון

-z, --כיוון=STRING
כיוון cDNA (sense_force, antisense_force, sense_filter, antisense_filter, או
אוטומטי (ברירת מחדל))

-H, - טרימנדקסונים=INT
חתוך אקסונים קצה עם פחות ממספר התאמות נתון (ב-nt, ברירת מחדל 9)

--מצב canonical=INT
תגמול עבור אינטרונים קנוניים וקנוניים למחצה 0=תגמול נמוך, 1=תגמול גבוה
(ברירת מחדל), 2=תגמול נמוך עבור רצפים בעלי זהות גבוהה ותגמול גבוה אחרת

-- חוצה מינים
השתמש בחיפוש רגיש יותר עבור שחבור קנוני, שעוזר במיוחד עבור
יישור בין מינים ומקרים קשים אחרים

--אפשר-סגור-אינדלס=INT
אפשר הכנסה ומחיקה קרובים זה לזה (0=לא, 1=כן (ברירת מחדל), 2=בלבד
ליישורים באיכות גבוהה)

--microexon-spliceprob=לצוף
אפשר מיקרו-אקסונים רק אם אחת מההסתברויות של אתר החבור גדולה מזו
ערך (ברירת מחדל 0.95)

--cmetdir=STRING
ספרייה עבור קבצי אינדקס מתילציטוסין (נוצר באמצעות cmetindex) (ברירת המחדל היא
מיקום קבצי אינדקס הגנום שצוינו באמצעות -D, -V, ו -d)

--אטואידיר=STRING
ספרייה עבור קבצי אינדקס לעריכת RNA A-to-I (נוצרו באמצעות atoiindex) (ברירת המחדל היא
מיקום קבצי אינדקס הגנום שצוינו באמצעות -D, -V, ו -d)

--מצב=STRING
מצב יישור: סטנדרטי (ברירת מחדל), cmet-גדילי, cmet-לא גדילי, atoi-גדילי,
atoi-non-stranded, ttoc-tanded, או ttoc-non-stranded. מצבים לא סטנדרטיים דורשים
הרצתם בעבר את תוכניות cmetindex או atoiindex (המכסות גם
מצבי ttoc) על הגנום

-p, --רמת פרון
רמת גיזום: 0=ללא גיזום (ברירת מחדל), 1=סיכומים גרועים, 2=רצפים חוזרים ונשנים, 3=עניים ו
חוזר על עצמו

סוגי פלט

-S, --סיכום
הצג סיכום של יישורים בלבד

-A, --ליישר
הצג יישורים

-3, --רָצִיף
הצג יישור בשלושה קווים רציפים

-4, --רציף-לפי-אקסון
הצג יישור בשלוש שורות לכל אקסון

-Z, --לִדחוֹס
הדפס פלט בפורמט דחוס

-E, --אקסונים=STRING
הדפס אקסונים ("cdna" או "גנומי")

-P, --protein_dna
הדפס רצף חלבון (cDNA)

-Q, --protein_gen
הדפסת רצף חלבון (גנומי)

-f, --פוּרמָט=INT
פורמט אחר לפלט (שים לב גם ל -A ו -S אפשרויות ואפשרויות אחרות המפורטות
תחת סוגי פלט):
psl (או 1) = פורמט PSL (BLAT),
gff3_gene (או 2) = פורמט גן GFF3,
gff3_match_cdna (או 3) = פורמט GFF3 cDNA_match,
gff3_match_est (או 4) = פורמט GFF3 EST_match,
splicesites (או 6) = פלט splicesites (עבור קובץ שחבור GSNAP),
introns = פלט introns (עבור קובץ שחבור GSNAP),
map_exons (או 7) = פורמט מפת אקסון של IIT FASTA,
map_ranges (או 8) = פורמט מפת טווח IIT FASTA,
coords (או 9) = coords בפורמט טבלה,
sampe = פורמט SAM (הגדרת bit paired_read בדגל),
samse = פורמט SAM (ללא הגדרת paired_read bit)

אפשרויות פלט

-n, --npaths=INT
מספר נתיבים מקסימלי להצגה (ברירת מחדל 5). אם מוגדר ל-1, GMAP לא ידווח
יישורים כימריים, שכן אלה מרמזים על שני נתיבים. אם אתה רוצה יישור בודד
בתוספת יישורים כימריים, ואז הגדר את זה ל-0.

--ציון לא אופטימלי=INT
דווח רק על נתיבים שהניקוד שלהם נמצא בערך זה של הנתיב הטוב ביותר. כברירת מחדל,
אם אפשרות זו אינה מסופקת,
התוכנית מדפיסה את כל הנתיבים שנמצאו.

-O, --הורה
הדפס פלט באותו סדר כמו הקלט (רלוונטי רק אם יש יותר מעובד אחד
פְּתִיל)

-5, --md5
הדפס סכום ביקורת MD5 עבור כל רצף שאילתה

-o, --כימרה-חפיפה
חפיפה כדי להציג, אם בכלל, בנקודת עצירה של כימרה

--בלבד
הדפס רק יישורים שנכשלו, אלה ללא תוצאות

--nofails
אל תכלול הדפסה של יישורים שנכשלו

-V, --snpsdir=STRING
ספרייה עבור קבצי אינדקס SNPs (נוצרו באמצעות snpindex) (ברירת המחדל היא המיקום של
קבצי אינדקס הגנום שצוינו באמצעות -D ו -d)

-v, --use-snps=STRING
השתמש במסד נתונים המכיל SNPs ידועים (ב .iit, שנבנה בעבר באמצעות
snpindex) לסובלנות ל-SNPs

--פלט מפוצל=STRING
שם בסיס עבור פלט של קבצים מרובים, בנפרד עבור מיפוי,
uniq, mult, (וכימרה, אם --כימרה-שוליים נבחר)

--הקלט שנכשל=STRING
הדפס יישורים שנכשלו לחלוטין כתבנית FASTA או FASTQ קלט לנתון
קוֹבֶץ. אם ה --פלט מפוצל ניתן גם דגל, קובץ זה נוצר בנוסף
לפלט בקובץ .nomapping.

--תוספת-פלט
מתי --פלט מפוצל or --faileinput נתון, הדגל הזה יוסיף פלט ל-
קבצים קיימים. אחרת, ברירת המחדל היא יצירת קבצים חדשים.

---output-buffer-size=INT
גודל מאגר, בשאילתות, עבור חוט פלט (ברירת מחדל 1000). כאשר המספר של
התוצאות להדפסה חורגות מגודל זה, חוטי העובד נעצרים עד ל
פיגור נמחק

-F, --באורך מלא
נניח חלבון באורך מלא, החל ב-Met

-a, --cdsstart=INT
תרגם קודונים מנוקלאוטיד נתון (מבוסס 1)

-T, --לקטוע
חתוך יישור סביב חלבון באורך מלא, Met to Stop Implies -F דגל.

-Y, --סוֹבלָנִי
מתרגם cDNA עם תיקונים להעברות מסגרות

אפשרויות עבור פלט GFF3

--gff3-add-separators=INT
האם להוסיף מפריד ### אחרי כל רצף שאילתה ערכים: 0 (לא), 1 (כן,
בְּרִירַת מֶחדָל)

אפשרויות עבור פלט SAM

--no-sam-headers
אל תדפיס כותרות שמתחילות ב-'@'

--sam-use-0M
הכנס 0M בסיגר בין הוספות ומחיקות סמוכות שנדרש על ידי Picard,
אבל יכול לגרום לשגיאות בכלים אחרים

--force-xs-dir
עבור יישורי RNA-Seq, לא מאפשר XS:A:? כאשר כיוון התחושה אינו ברור, ו
מחליף ערך זה באופן שרירותי ב-XS:A:+. עשוי להיות שימושי עבור תוכניות מסוימות, כגון
כחפתים, שאינם יכולים להתמודד עם XS:A:?. עם זאת, אם אתה משתמש בדגל זה, ה
הערך המדווח של XS:A:+ במקרים אלה לא יהיה בעל משמעות.

--md-אותיות קטנות-snp
במחרוזת MD, כאשר SNPs ידועים ניתנים על ידי ה -v דֶגֶל,
מדפיס נוקלאוטידים הבדלים באותיות קטנות כאשר הם,
שונה מהפניה אך תואם אלל חלופי ידוע

--פעולה-אם-סיגר-שגיאה
פעולה שיש לנקוט אם יש אי הסכמה בין אורך CIGAR ואורך רצף
ערכים מותרים: התעלם, אזהרה (ברירת מחדל), ביטול

---read-group-id=STRING
ערך לשים בשדה מזהה קבוצת קריאה (RG-ID).

--שם-קבוצה-קרא=STRING
ערך להכניס בשדה שם קבוצת קריאה (RG-SM).

--ספריית-קבוצת-קריאה=STRING
ערך לשים בשדה ספריית קבוצת קריאה (RG-LB).

---read-group-platform=STRING
ערך לשים בשדה ספריית קבוצת קריאה (RG-PL).

אפשרויות לציוני איכות

--פרוטוקול איכות=STRING
פרוטוקול לציוני איכות קלט. ערכים מותרים: illumina (ASCII 64-126)
(שווה ערך ל -J 64 -j -31) sanger (ASCII 33-126) (מקביל ל -J 33 -j 0)

ברירת המחדל היא sanger (ללא שינוי הדפסה באיכות)
קבצי פלט SAM צריכים לקבל ציוני איכות בפרוטוקול sanger

או שאתה יכול לציין את משמרת ההדפסה עם הדגל הזה:

-j, --איכות-הדפסה-שינוי=INT
העבר את ציוני האיכות של FASTQ בכמות זו בפלט (ברירת המחדל היא 0 עבור sanger
נוהל; כדי לשנות את קלט Illumina לפלט Sanger, בחר -31)

אפשרויות קובץ מפה חיצוניות

-M, --mapdir=בספרייה
ספריית מפות

-m, --מַפָּה=iitfile
קובץ מפה. אם הטיעון הוא '?' (עם המרכאות),
זה מפרט קובצי מפה זמינים.

-e, --מפקסון
מפה כל אקסון בנפרד

-b, --mapboth
דווח על פגיעות משני גדילי הגנום

-u, --מאגף=INT
הצג התאמות צד (ברירת מחדל 0)

--הדפס-הערה
הצג שורת הערות עבור כל היט

אפשרויות פלט יישור

-N, --לא אורכים
אין אורכי אינטרונים ביישור

-I, --invertmode=INT
מצב ליישורים לגדיל גנומי (-): 0=אל תהפוך את ה-cDNA (ברירת מחדל)
1=הפוך cDNA והדפס גדיל גנומי (-) 2=הפוך cDNA והדפס גנומי (+)
גדיל

-i, --introngap=INT
נוקלאוטידים שיוצגו בכל קצה של אינטרון (ברירת מחדל 3)

-l, --אורך עטיפה=INT
אורך גלישה ליישור (ברירת מחדל 50)

סינון אפשרויות פלט

--מינימום-קצץ-כיסוי=לצוף
אל תדפיס יישור עם כיסוי גזום פחות ערך זה (ברירת מחדל = 0.0, אשר
פירושו ללא סינון) שים לב שיישורים כימריים ייצאו ללא קשר לכך
לסנן

--מיני-זהות=לצוף
אל תדפיס יישור עם זהות פחות ערך זה (ברירת מחדל=0.0, כלומר לא
סינון) שים לב שיישור כימרי יופיע ללא קשר למסנן זה
אפשרויות עזרה

--חשבון
בדוק הנחות מהדר

--גִרְסָה
הצג גרסה

- עזרה הצג הודעת עזרה זו

כלים אחרים של GMAP Suite נמצאים ב- /usr/lib/gmap

השתמש ב-gmap באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net