זוהי הפקודה gmod_make_gff_from_dbxref.plp שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות החינמיות שלנו כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS.
תָכְנִית:
שֵׁם
gmod_make_gff_from_dbxref.pl - כלי ליצירת קובץ gff3 בהינתן רשימה של dbxrefs ו-
קבצי פאסטה.
תַקצִיר
% gmod_make_gff_from_dbxref.pl --fasta_dir --tmp_dir \
<dbxref_list
שורת הפקודה אפשרויות
--fasta_dir ספרייה המכילה קבצי fasta (נדרש)
--tmp_dir ספרייה זמנית (ברירת מחדל: / Tmp)
--הקלד מונח SO לשימוש עבור מאפיינים שנוצרו (ברירת מחדל: אזור)
--source עמודה 2 של קובץ ה-GFF (ברירת מחדל: .)
תיאור
כלי זה מקבל רשימה של מזהי מסד נתונים מופרדים בטאבים ורישומי גישה בשורת הפקודה.
(כמו ש-gmod_extract_dbxref_from_gff.pl היה מייצר) יחד עם ספרייה המכילה
קבצי fasta ויוצר קובץ GFF. הסקריפט מנסה מספר אפשרויות לזיהוי ה
הצטרפות בשורת התיאור של fasta. אלו סוגי הדברים שהוא משתמש בהם כרגע
ניסיונות:
>mi|5419616|mn|TC130707|
כדי לקבל את TC130707
>gi|34072055|gb|CG180994.1|CG180994
כדי לקבל את CG180994.1
>מייל|12821100|דקה|2_11498(1330441) |
כדי לקבל 2_11498.
> 123456
כדי לקבל את 123456 (כלומר, את כל השורה, שהיא המוצא האחרון).
אם יש לך שורת תיאור שונה מזו ותרצה עזרה בשינוי
כדי שהסקריפט הזה יעבוד עם הנתונים שלך, אנא שלח בדוא"ל לרשימת התפוצה של הסכימה:
[מוגן בדוא"ל]אם תשנה את הסקריפט בעצמך כדי שיעבוד עם שלך
נתונים, אנא שלחו גם את רשימת התפוצה של הסכימה כדי לדווח על השינויים שלכם כדי שניתן יהיה לעדכן אותם
כּוֹלֵל.
השתמש בקובץ gmod_make_gff_from_dbxref.plp באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
