gmx-analyze - אונליין בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-analyze - ניתוח מערכי נתונים

תַקצִיר

ניתוח gmx [-f [<.xvg>]] [-ac [<.xvg>]] [-msd [<.xvg>]] [-cc [<.xvg>]]
[-דיסט [<.xvg>]] [-אָב [<.xvg>]] [-אי [<.xvg>]]
[-bal [<.xvg>]] [-מְצוּיָד [<.xvg>]] [-g [<.log>]] [-[עַכשָׁיו]
[-xvg ] [-[אין] זמן] [-b ] [-e ]
[-n ] [-[מָנוֹד רֹאשׁ] [-בוו ] [-errbar ]
[-[לא] לשלב] [-aver_start ] [-[לא]קסידי]
[-[אין] רגרסיה] [-[לא]לוזר] [-טמפ' ]
[-פיטסטארט ] [-fitend ] [-לְסַנֵן ]
[-[אין] כוח] [-[לא]סאב-אב] [-[אין] אחדacf] [-acflen ]
[-[לא]לנרמל] [-P ] [-fitfn ]
[-התחל כושר ] [-endfit ]

תיאור

GMX לנתח קורא קובץ ASCII ומנתח מערכי נתונים. שורה בקובץ הקלט עשויה
התחילו עם שעה (ראו אפשרות -time) וכל מספר של yערכים עשויים להופיע. קבוצות מרובות
ניתן לקרוא אותם גם כאשר הם מופרדים על ידי & (אפשרות -n); במקרה זה רק אחד y-ערך
נקרא מכל שורה. כל השורות המתחילות ב-# ו-@ מדלגות. כל הניתוחים יכולים להיעשות
ניתן לעשות זאת גם עבור הנגזרת של קבוצה (אפשרות -d).

כל האפשרויות, חוץ מ -אָב ו צריכת חשמל, נניח שהנקודות נמצאות במרחק שווה זו מזו בזמן.

GMX לנתח תמיד מציג את הממוצע וסטיית התקן של כל קבוצה, כמו גם את
סטייה יחסית של הקומולנטים השלישי והרביעי מאלה של התפלגות גאוסית
עם אותה סטיית תקן.

אפשרות -ac מייצר את פונקציית/ות האוטוקורלציה. ודא/י שמרווח הזמן
בין נקודות הנתונים קצר בהרבה מסולם הזמן של האוטוקורלציה.

אפשרות -cc משרטט את הדמיון של קבוצה i עם קוסינוס של מחזורים של i/2. הנוסחה היא:

2 (אינטגרל מ-0 עד T של y(t) cos(i pi t) dt)^2 / אינטגרל מ-0 עד T של y^2(t) dt

זה שימושי עבור רכיבים עיקריים המתקבלים מניתוח שונות משותפת, מכיוון ש-
המרכיבים העיקריים של דיפוזיה אקראית הם קוסינוסים טהורים.

אפשרות -msd מייצר את ממוצע התזוזה הריבועית (או התזוזות) הריבועית.

אפשרות -דיסט מייצר תרשים/י התפלגות.

אפשרות -אָב מייצר את הממוצע על פני הסטים. ניתן להוסיף סרגלי שגיאה באמצעות האפשרות
-errbarסרגלי השגיאה יכולים לייצג את סטיית התקן, את השגיאה (בהנחה ש-
נקודות בלתי תלויות) או המרווח המכיל 90% מהנקודות, על ידי השלכת 5% מ
הנקודות למעלה ולמטה.

אפשרות -אי מייצר אומדני שגיאה באמצעות ממוצע בלוקים. קבוצה מחולקת למספר
של בלוקים וממוצעים מחושבים עבור כל בלוק. השגיאה עבור הממוצע הכולל היא
מחושב מהשונות בין ממוצעים של m בלוקים B_i באופן הבא: error^2 =
סכום (B_i - )^2 / (m*(m-1)). שגיאות אלו מוצגות כפונקציה של גודל הבלוק.
כמו כן מוצגת עקומת ממוצע בלוקים אנליטית, בהנחה שהאוטוקורלציה היא
סכום של שני אקספוננציאלים. העקומה האנליטית לממוצע הבלוקים היא:

f(t) = sigma``*``sqrt(2/T ( alpha (tau_1 ((exp(-t/tau_1) - 1) tau_1/t + 1)) +
(1-alpha) (tau_2 ((exp(-t/tau_2) - 1) tau_2/t + 1)))),

כאשר T הוא הזמן הכולל. אלפא, tau_1 ו- tau_2 מתקבלים על ידי התאמת f^2(t) ל-
שגיאה^2. כאשר ממוצע הבלוקים בפועל קרוב מאוד לעקומה האנליטית, השגיאה
הוא sigma``*``sqrt(2/T(a tau_1 + (1-a) tau_2)). הגזירה המלאה ניתנת ב-B.
הס, ג'. כימיה. פיז. 116:209-217, 2002.

אפשרות -bal מוצא ומחסיר את הרכיב ה"בליסטי" האולטרה-מהיר מקשר מימן
פונקציית אוטוקורלציה על ידי התאמת סכום של אקספוננציאלים, כמתואר למשל ב-O.
Markovitch, J. Chem. Phys. 129:084505, 2008. המונח המהיר ביותר הוא זה עם הכי הרבה
מקדם שלילי במערך האקספוננציאלי, או עם -d, זה עם הזמן השלילי ביותר
נגזרת בזמן 0. -nbalexp קובע את מספר האקספוננציאלים כך שיתאים.

אפשרות -פְּנִינָה מתאים את קבועי הקצב הבימולקולריים ka ו-kb (ואופציונלי kD) למימן
פונקציית אוטוקורלציה של קשרים לפי מודל רקומבינציה הפיך של ג'מינטים.
מומלץ מאוד להסיר תחילה את הרכיב הבליסטי. המודל מוצג ב-O.
מרקוביץ', ג'. כימיה. פיז. 129:084505, 2008.

אפשרות -לְסַנֵן מדפיס את תנודות התדר הגבוה RMS של כל קבוצה ועל פני כל הקבוצות
ביחס לממוצע מסונן. המסנן פרופורציונלי ל-cos(pi t/len) כאשר t
עובר מ-len/2 ל-len/2. len מסופק עם האפשרות -לְסַנֵןמסנן זה מפחית
תנודות עם מחזור len/2 ו-len בגורם של 0.79 ו-0.33 בהתאמה.

אפשרות -g מתאים את הנתונים לפונקציה הנתונה עם האפשרות -fitfn.

אפשרות צריכת חשמל מתאים את הנתונים ל-bt^a, דבר שמבוצע על ידי התאמה ל-at + b ב-
סולם לוגריתמי. כל הנקודות אחרי האפס הראשון או עם ערך שלילי מתעלמות.

אפשרות -לוזר מבצע ניתוח קינטיקה של Luzar & Chandler על הפלט מ GMX הבונד. ה
ניתן לקחת את קובץ הקלט ישירות מ GMX הבונד -ac, ואז אמורה להיות אותה התוצאה
מיוצר.

אפשרות -fitfn מבצע התאמת עקומות למספר עקומות שונות הגיוניות ב
בהקשר של דינמיקה מולקולרית, בעיקר עקומות אקספוננציאליות. מידע נוסף נמצא ב
מדריך. כדי לבדוק את הפלט של תהליך ההתאמה, האפשרות -מְצוּיָד ידפיס את שניהם
הנתונים המקוריים והפונקציה המותאמת לקובץ נתונים חדש. פרמטרי ההתאמה הם
נשמר כתגובה בקובץ הפלט.

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-f [<.xvg>] (graph.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-ac [<.xvg>] (אוטוקורציה.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-msd [<.xvg>] (msd.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-cc [<.xvg>] (coscont.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-דיסט [<.xvg>] (הפצה xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-אָב [<.xvg>] (ממוצע.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-אי [<.xvg>] (errest.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-bal [<.xvg>] (ballisitc.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-מְצוּיָד [<.xvg>] (fitted.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-g [<.log>] (fitlog.log) (אופציונלי)
קובץ לוג

אפשרויות אחרות:

-[עַכשָׁיו (לא)
צפה בפלט .xvg, .xpm, .eps ו .pdb קבצים

-xvg
עיצוב העלילה xvg: xmgrace, xmgr, none

-[אין] זמן (כן)
צפו לזמן בקלט

-b (-1)
פעם ראשונה שאני קורא מהסט

-e (-1)
פעם אחרונה לקרוא מהסט

-n (1)
קרא את מספר הקבוצות הזה המופרדות על ידי &

-[מָנוֹד רֹאשׁ (לא)
השתמש בנגזרת

-בוו (0.1)
רוחב ה-Bin עבור ההתפלגות

-errbar (ללא)
סרגלי שגיאה עבור -אָבאין, stddev, שגיאה, 90

-[לא] לשלב (לא)
אינטגרציה מספרית של פונקציות נתונים באמצעות כלל הטרפז

-aver_start (0)
התחל לחשב את ממוצע האינטגרל מכאן

-[לא]קסידי (לא)
פירוש מערך הנתונים השני כשגיאה בערכי ה-y לצורך אינטגרציה

-[אין] רגרסיה (לא)
בצעו ניתוח רגרסיה לינארית על הנתונים. אם -קסידי מוגדר סט שני
להתפרש כסרגל השגיאה בערך ה-Y. אחרת, אם מספר קבוצות נתונים
קיימים, תבוצע רגרסיה רב-לינארית שתניב את הקבוע A ש
למזער את chi^2 = (y - A_0 x_0 - A_1 x_1 - ... - A_N x_N)^2 כאשר כעת Y הוא הראשון
מערך הנתונים בקובץ הקלט ו-x_i את האחרים. אנא קרא את המידע ב
אוֹפְּצִיָה -time.

-[לא]לוזר (לא)
בצע ניתוח של לוזר וצ'נדלר על פונקציית קורלציה וקשורה כפי שמתקבלת
by GMX הבונדכאשר בנוסף ה -קסידי הדגל מקבל את העמודה השנייה והרביעית
יתפרשו כשגיאות ב-c(t) וב-n(t).

-טמפ' (298.15)
טמפרטורה לניתוח קינטיקה של קשרי מימן של לוזר (K)

-פיטסטארט (1)
הזמן (ps) שממנו להתחיל להתאים את פונקציות הקורלציה על מנת לקבל
קבועי הקצב קדימה ואחורה עבור שבירה והיווצרות HB

-fitend (60)
הזמן (ps) שבו יש להפסיק את התאמת פונקציות הקורלציה על מנת לקבל את
קבועי קצב קדימה ואחורה עבור שבירה והיווצרות של HB. רק עם -פְּנִינָה

-לְסַנֵן (0)
הדפס את תנודת התדר הגבוה לאחר סינון עם מסנן קוסינוס של זה
אורך

-[אין] כוח (לא)
התאמת נתונים ל: bt^a

-[לא]סאב-אב (כן)
חיסור הממוצע לפני האוטוקורלציה

-[אין] אחדacf (לא)
חשב ACF אחד על פני כל הקבוצות

-acflen (-1)
אורך ה-ACF, ברירת המחדל היא מחצית ממספר הפריימים

-[לא]לנרמל (כן)
נרמל ACF

-P (0)
סדר פולינום Legendre עבור ACF (0 מציין שאין): 0, 1, 2, 3

-fitfn (ללא)
פונקציית התאמה: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-התחל כושר (0)
זמן היכן להתחיל את ההתאמה האקספוננציאלית של פונקציית המתאם

-endfit (-1)
הזמן שבו לסיים את ההתאמה האקספוננציאלית של פונקציית המתאם, -1 הוא עד ל-
סוף

השתמש ב-gmx-analyze באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net