gmx-make_ndx - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-make_ndx - צור קבצי אינדקס

תַקצִיר

gmx make_ndx [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx> [...]]] [-o [<.ndx>]]
[-נטומים ] [-[לא מנצח]

תיאור

קבוצות אינדקס נחוצות כמעט לכל תוכנית GROMACS. כל התוכניות האלה יכולות
ליצור קבוצות אינדקס ברירת מחדל. אתה רק צריך להשתמש GMX make_ndx כאשר אתה צריך SPECIAL
קבוצות אינדקס. יש קבוצת אינדקס ברירת מחדל לכל המערכת, 9 קבוצות אינדקס ברירת מחדל
עבור חלבונים, וקבוצת אינדקס ברירת מחדל נוצרת עבור כל שם שאריות אחר.

כאשר לא מסופק קובץ אינדקס, גם GMX make_ndx יפיק את קבוצות ברירת המחדל. עם
את עורך האינדקס אתה יכול לבחור על שמות ומספרים של אטומים, שאריות ושרשרת. כאשר ריצה
מסופק קובץ קלט, אתה יכול גם לבחור על סוג אטום. אתה יכול להשתמש ב- NOT, AND ו- OR, you
יכול לפצל קבוצות לשרשראות, שיירים או אטומים. ניתן למחוק ולשנות שמות של קבוצות.

מספור האטום בעורך ובקובץ האינדקס מתחיל ב-1.

אל האני -תְאוֹם switch משכפל את כל קבוצות האינדקס עם היסט של -נטומים, וזה שימושי
עבור הגדרות ממברנות דו-שכבתיות של אלקטרופיזיולוגיה חישובית.

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (אופציונלי)
קובץ מבנה: gro g96 pdb brk ent esp tpr

-n [<.ndx> [...]] (index.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-o [<.ndx>] (index.ndx)
קובץ אינדקס

אפשרויות אחרות:

-נטומים (0)
קבע מספר אטומים (ברירת מחדל: קריאה מקובץ קואורדינטות או אינדקס)

-[לא מנצח (לא)
שכפל את כל קבוצות האינדקס עם היסט של -natoms

השתמש ב-gmx-make_ndx באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net