זוהי הפקודה gmx-sasa שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות החינמיות שלנו כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS.
תָכְנִית:
שֵׁם
gmx-sasa - חישוב שטח פנים נגיש לממס
תַקצִיר
gmx סאסא [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-odg [<.xvg>]] [או [<.xvg>]] [-או [<.xvg>]]
[-טֵלֶוִיזִיָה [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-אתה ] [-xvg ] [-[no]rmpbc]
[-[no]pbc] [-SF ] [-selrpos ] [-בְּדִיקָה ]
[נקודות ] [-[לא]הגנה] [-dgs ]
[-משטח ] [-תְפוּקָה ]
תיאור
GMX סאסא מחשב שטחי פנים נגישים לממס. ראה אייזנהאבר פ', לינזאד פ', ארגוס
P, Sander C, & Scharf M (1995) J. Comput. Chem. 16, 273-284 עבור האלגוריתם בו נעשה שימוש. עם
-q, ניתן ליצור את פני השטח של קונולי גם ב- .pdb קובץ שבו נמצאים הצמתים
מיוצגים כאטומים והקצוות המחברים את הצמתים הקרובים ביותר כרשומות CONECT. -odg
מאפשר הערכה של אנרגיות חופשיות ממיסות מאנרגיות ממיסות לכל אטום לכל
שטח פנים חשוף.
התוכנית דורשת בחירה עבור חישוב פני השטח שיצוין עם
-משטחזה צריך תמיד לכלול את כל האטומים שאינם ממסים במערכת. שטח ה
קבוצה זו מחושבת תמיד. לחלופין, -תְפוּקָה ניתן לציין בחירות נוספות,
אשר אמורות להיות תת-קבוצות של קבוצת החישוב. האזורים הנגישים לממס עבור אלה
קבוצות מופקות גם מהמשטח המלא.
ניתן לחשב את הממוצע ואת סטיית התקן של השטח לאורך המסלול לפי
שארית ואטום (אפשרויות) או ו -או).
עם -טֵלֶוִיזִיָה אפשרות זו מאפשרת חישוב של הנפח והצפיפות הכוללים של המולקולה. בעזרת
-pbc (ברירת המחדל), עליך לוודא שקבוצת המולקולה/משטח שלך אינה מפוצלת על פני
PBC. אחרת, תקבלו תוצאות חסרות משמעות. אנא שקלו גם האם ה-
רדיוס גשש רגיל מתאים במקרה זה או שמא תעדיפו להשתמש, למשל, ב-0.
כדאי לזכור שהתוצאות עבור נפח וצפיפות הן משוערות מאוד.
לדוגמה, בקרח Ih, ניתן בקלות להכניס מולקולות מים לנקבוביות, מה שיביא ל...
נפח נמוך מדי, ושטח פנים וצפיפות גבוהים מדי.
אפשרויות
אפשרויות לציון קבצי קלט:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (אופציונלי)
מסלול קלט או תצורה בודדת: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (אופציונלי)
מבנה קלט: tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (אופציונלי)
קבוצות אינדקס נוספות
אפשרויות לציון קבצי פלט:
-o [<.xvg>] (אזור.xvg)
שטח כולל כפונקציה של זמן
-odg [<.xvg>] (dgsolv.xvg) (אופציונלי)
אנרגיה חופשית משוערת של ממיסות כפונקציה של זמן
או [<.xvg>] (אזור חיפוש.xvg) (אופציונלי)
שטח ממוצע לכל שארית
-או [<.xvg>] (atomarea.xvg) (אופציונלי)
שטח ממוצע לאטום
-טֵלֶוִיזִיָה [<.xvg>] (נפח.xvg) (אופציונלי)
נפח וצפיפות כוללים כפונקציה של זמן
-q [<.pdb>] (connolly.pdb) (אופציונלי)
קובץ PDB עבור משטח קונולי
אפשרויות אחרות:
-b (0)
מסגרת ראשונה (ps) לקריאה מהמסלול
-e (0)
מסגרת אחרונה (ps) לקריאה מהמסלול
-dt (0)
השתמש רק במסגרת אם t MOD dt == בפעם הראשונה (ps)
-אתה (נ.ב)
יחידה לערכי זמן: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg (xmgrace)
עיצוב העלילה: none, xmgrace, xmgr
-[no]rmpbc (כן)
הפוך מולקולות שלמות עבור כל מסגרת
-[no]pbc (כן)
השתמש בתנאי גבול תקופתיים לחישוב מרחק
-SF
ספק בחירות מקבצים
-selrpos (אָטוֹם)
מיקומי התייחסות לבחירה: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-בְּדִיקָה (0.14)
רדיוס של גשש הממס (ננומטר)
נקודות (24)
מספר נקודות לכל כדור, יותר נקודות פירושו דיוק רב יותר
-[לא]הגנה (כן)
פלט את החלבון לקונולי .pdb גם קובץ
-dgs (0)
ערך ברירת מחדל לאנרגיה חופשית של ממיסות לשטח (kJ/mol/nm^2)
-משטח
בחירת חישוב פני השטח
-תְפוּקָה
בחירת פלט (או אפשרויות)
השתמש ב-gmx-sasa באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
