gmx-spol - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-spol - ניתוח כיוון דיפול ממס וקיטוב סביב מומסים

תַקצִיר

gmx spol [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[עַכשָׁיו]
[-xvg ] [-[no]com] [-refat ] [-rmin ]
[-rmax ] [-לִטבּוֹל ] [-בוו ]

תיאור

GMX מִין מנתח דיפולים סביב מומס; זה שימושי במיוחד עבור מים הניתנים לקיטוב.
קבוצה של אטומי ייחוס, או מרכז מסה התייחסות (אפשרות -קום) וקבוצה של
נדרשים אטומי ממס. התוכנית מפצלת את קבוצת האטומים הממסים למולקולות.
עבור כל מולקולת ממס המרחק לאטום הקרוב ביותר בקבוצת הייחוס או ל-
COM נקבע. מתווה התפלגות מצטברת של מרחקים אלה. לכל אחד
מרחק בין -rmin ו -rmax המכפלה הפנימית של וקטור המרחק והדיפול
של מולקולת הממס נקבע. עבור מולקולות ממס עם מטען נטו (יונים), ה
מטען נטו של היון מופחת באופן שווה מכל האטומים בבחירה של כל יון.
הממוצע של רכיבי דיפול אלו מודפס. אותו הדבר נעשה לגבי הקיטוב,
כאשר הדיפול הממוצע מופחת מהדיפול המיידי. גודל ה
דיפול ממוצע מוגדר עם האפשרות -לִטבּוֹל, הכיוון מוגדר על ידי הווקטור מ
האטום הראשון בקבוצת הממס שנבחרה לנקודת האמצע בין השני ל-
אטום שלישי.

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
מַסלוּל: xtc trr CPT gro g96 pdb tng

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
קובץ קלט הפעלת xdr נייד

-n [<.ndx>] (index.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

אפשרויות אחרות:

-b (0)
מסגרת ראשונה (ps) לקריאה מהמסלול

-e (0)
מסגרת אחרונה (ps) לקריאה מהמסלול

-dt (0)
השתמש רק במסגרת כאשר t MOD dt = פעם ראשונה (ps)

-[עַכשָׁיו (לא)
צפה בפלט .xvg, .xpm, .eps ו .pdb קבצים

-xvg
עיצוב העלילה xvg: xmgrace, xmgr, none

-[no]com (לא)
השתמש במרכז המסה כמיקום הייחוס

-refat (1)
אטום הייחוס של מולקולת הממס

-rmin (0)
מרחק מקסימלי (ננומטר)

-rmax (0.32)
מרחק מקסימלי (ננומטר)

-לִטבּוֹל (0)
הדיפול הממוצע (D)

-בוו (0.01)
רוחב הפח

השתמש ב-gmx-spol באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net