gmx-tcaf - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

gmx-tcaf - חשב צמיגות של נוזלים

תַקצִיר

gmx tcaf [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-לא [<.xvg>]] [-או [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-שֶׁל [<.xvg>]]
[-oc [<.xvg>]] [-וב [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[עַכשָׁיו] [-xvg ] [-[לא]מול] [-[no]k34]
[-wt ] [-acflen ] [-[לא]לנרמל] [-P ]
[-fitfn ] [-התחל כושר ] [-endfit ]

תיאור

GMX tcaf מחשבת קורלציות אוטומטיות של זרם חוצה. אלה משמשים להערכת
צמיגות גזירה, eta. לפרטים ראה: Palmer, Phys. Rev. E 49 (1994) עמ' 359-366.

זרמים רוחביים מחושבים באמצעות ה-k-וקטורים (1,0,0) ו-(2,0,0) כל אחד גם ב
מה היא y- ו z-כיוון, (1,1,0) ו-(1,-1,0) כל אחד גם בשני המישורים האחרים (אלה
הוקטורים אינם עצמאיים) ו-(1,1,1) ו-3 אלכסוני הקופסה האחרים (גם לא
עצמאי). עבור כל וקטור k משמשים הסינוס והקוסינוס, בשילוב עם
מהירות בשני כיוונים מאונכים. זה נותן סך של 2*16*2=2 רוחבי
זרמים. מתאם אוטומטי אחד מחושב המותאם עבור כל k-וקטור, מה שנותן 16
TCAFs. כל אחד מה-TCAFs הללו מותאם ל-f(t) = exp(-v)(cosh(Wv) + 1/W sinh(Wv)), v = -t/(2
tau), W = sqrt(1 - 4 tau eta/rho k^2), שנותן 16 ערכים של tau ו-eta. ההתאמה
משקלים מתפוגגים באופן אקספוננציאלי עם קבוע זמן w (ניתן עם -wt) כ-exp(-t/w), וה-
TCAF והתאמה מחושבים עד לזמן 5*w. יש להתאים את ערכי ה-eta ל-1 - א
eta(k) k^2, שממנו ניתן להעריך את צמיגות הגזירה ב-k=0.

כאשר הקופסה מעוקבת, אפשר להשתמש באפשרות -oc, אשר מעמיד את הממוצעים של TCAFs בסך הכל
k-וקטורים בעלי אותו אורך. זה מביא ל-TCAFs מדויק יותר. גם המעוקב
TCAFs והתאמות נכתבות -oc הערכות האטה המעוקבות נכתבות גם -וב.

עם אפשרות -מול, הזרם הרוחבי נקבע ממולקולות במקום אטומים. ב
במקרה זה, קבוצת האינדקס צריכה להיות מורכבת ממספרי מולקולות במקום ממספרי אטומים.

הצמיגות תלויות k ב- -וב יש להתאים את הקובץ ל-eta(k) = eta_0 (1 - ak^2)
להשיג את הצמיגות באורך גל אינסופי.

הערה: ודא שאתה כותב קואורדינטות ומהירויות לעתים קרובות מספיק. ההתחלה,
לא אקספוננציאלי, חלק מפונקציית הקורלציה האוטומטית חשוב מאוד להשגת a
התאמה טובה.

אפשרויות

אפשרויות לציון קבצי קלט:

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
מסלול דיוק מלא: trr CPT tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (אופציונלי)
מבנה+מסה(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס

אפשרויות לציון קבצי פלט:

-לא [<.xvg>] (transcur.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-או [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

-שֶׁל [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

-oc [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (אופציונלי)
קובץ xvgr/xmgr

-וב [<.xvg>] (visc_k.xvg)
קובץ xvgr/xmgr

אפשרויות אחרות:

-b (0)
מסגרת ראשונה (ps) לקריאה מהמסלול

-e (0)
מסגרת אחרונה (ps) לקריאה מהמסלול

-dt (0)
השתמש רק במסגרת כאשר t MOD dt = פעם ראשונה (ps)

-[עַכשָׁיו (לא)
צפה בפלט .xvg, .xpm, .eps ו .pdb קבצים

-xvg
עיצוב העלילה xvg: xmgrace, xmgr, none

-[לא]מול (לא)
חשב TCAF של מולקולות

-[no]k34 (לא)
השתמש גם ב-k=(3,0,0) ו-k=(4,0,0)

-wt (5)
זמן דעיכה אקספוננציאלי עבור משקולות ההתאמה של TCAF

-acflen (-1)
אורך ה-ACF, ברירת המחדל היא מחצית ממספר הפריימים

-[לא]לנרמל (כן)
נרמל ACF

-P (0)
סדר פולינום Legendre עבור ACF (0 מציין שאין): 0, 1, 2, 3

-fitfn (ללא)
פונקציית התאמה: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-התחל כושר (0)
זמן היכן להתחיל את ההתאמה האקספוננציאלית של פונקציית המתאם

-endfit (-1)
הזמן שבו לסיים את ההתאמה האקספוננציאלית של פונקציית המתאם, -1 הוא עד ל-
סוף

השתמש ב-gmx-tcaf באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net