זוהי הפקודה hmm2fetch שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
hmm2fetch - אחזר HMM ממסד נתונים של HMM
תַקצִיר
הממ2 להביא [אפשרויות] מסד נתונים שם
תיאור
הממ2 להביא הוא כלי עזר קטן המאחזר HMM שנקרא שם ממסד נתונים של דגמי HMMER
נקרא מאגר מידע. בפורמט חדש, ומדפיס את הדגם הזה לפלט סטנדרטי. לדוגמה,
הממ2 להביא Pfam אממ מאחזר את מודל ה-RRM (מוטיב זיהוי RNA) מ-Pfam, אם
משתנה הסביבה HMMERDB מוגדר למיקום של מסד הנתונים של Pfam. המאוחזר
קובץ HMM כתוב בפורמט HMMER 2 ASCII.
למסד הנתונים חייב להיות קובץ אינדקס GSI משויך. כדי להוסיף לאינדקס מסד נתונים של HMM, השתמש ב-
התוכנית hmm2index.
אפשרויות
-h הדפס עזרה קצרה; כולל מספר גרסה וסיכום של כל האפשרויות, כולל
אפשרויות מומחים.
-n לפרש שם כמספר HMM במקום שם. המספור מתחיל ב-0. עבור
לדוגמה, כדי להביא את ה-HMM הראשון ממסד נתונים של HMM שנקרא פו, אתה תעשה
הממ2 להביא -n 0 פו.
השתמש ב-hmm2fetch באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net