hmm2search - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

hmm2search - חפש במסד נתונים של רצף עם פרופיל HMM

תַקצִיר

הממ2חיפוש [אפשרויות] hmmfile קובץ seqfile

תיאור

הממ2חיפוש קורא HMM מ hmmfile וחיפושים קובץ seqfile עבור דומה באופן משמעותי
רצף התאמות.

קובץ seqfile יחפשו תחילה בספריית העבודה הנוכחית, ולאחר מכן בספריה
נקרא על ידי משתנה הסביבה BLASTDB. זה מאפשר למשתמשים להשתמש במסדי נתונים קיימים של BLAST,
אם BLAST הוגדר עבור האתר.

הממ2חיפוש עשוי להימשך דקות או אפילו שעות לרוץ, תלוי בגודל הרצף
מאגר מידע. זה רעיון טוב להפנות את הפלט לקובץ.

הפלט מורכב מארבעה חלקים: רשימה מדורגת של רצפי הניקוד הטובים ביותר, א
רשימה מדורגת של תחומי הניקוד הטובים ביותר, יישורים עבור כל תחומי הניקוד הטובים ביותר, וכן
היסטוגרמה של הציונים. ציון רצף עשוי להיות גבוה יותר מציון תחום עבור
אותו רצף אם יש יותר מתחום אחד ברצף; ציון הרצף לוקח
להתחשב בכל התחומים. כל הרצפים ניקוד מעל -E ו -T מוצגים חתכים
ברשימה הראשונה, אז כל דומיין שנמצא ברשימה זו מוצג ברשימה השנייה של
כניסות לתחום. אם תרצה, ניתן להחיל ספי ערך E וציון סיביות גם על
רשימת דומיינים באמצעות ה --domE ו --domT אפשרויות.

אפשרויות

-h הדפס עזרה קצרה; כולל מספר גרסה וסיכום של כל האפשרויות, כולל
אפשרויות מומחים.

-A מגביל את פלט היישור ל- תחומי הניקוד הטוב ביותר. -A0 מכבה את
פלט יישור וניתן להשתמש בו כדי להקטין את גודל קבצי הפלט.

-E הגדר את ה-E-value cutoff עבור רשימת ההיטים המדורגת לפי רצף ל , איפה הוא
מספר אמיתי חיובי. ברירת המחדל היא 10.0. כניסות עם ערכי E טובים יותר מ-(פחות
מאשר) סף זה יוצג.

-T הגדר את סף ניקוד הסיביות עבור רשימת ההיטים המדורגת לפי רצף ל , איפה is
מספר אמיתי. ברירת המחדל היא אינסוף שלילי; כברירת מחדל, הסף הוא
נשלט על ידי E-value ולא על ידי ציון סיביות. להיטים עם ציוני ביט טובים יותר מ
(גדול מ) הסף הזה יוצג.

-Z חשב את ציוני ה-E-value כאילו ראינו מסד נתונים רצף של
רצפים. ברירת המחדל היא מספר הרצפים הנראים בקובץ מסד הנתונים שלך
.

EXPERT אפשרויות

--compat
השתמש בפורמט הפלט של HMMER 2.1.1, המהדורה הציבורית 1998-2001; בתנאי שכן
מנתחי 2.1.1 לא חייבים להיכתב מחדש.

--מעבד
מגדיר את המספר המרבי של מעבדים שהתוכנית תפעל עליהם. ברירת המחדל היא להשתמש
כל המעבדים במכונה. עוקף את משתנה הסביבה HMMER_NCPU. רק
משפיע על גרסאות משורשרות של HMMER (ברירת המחדל ברוב המערכות).

--cut_ga
השתמש ב-Pfam GA (סף איסוף) ציונים. שווה ערך ל --globT
--domT , אך החתכים GA2 ו-GA1 נקראים מקובץ HMM. hmm2build
שם את החתכים האלה אם קובץ היישור היה כתוב ב-Pfam ידידותי
פורמט יישור (פורמט SELEX מורחב או שטוקהולם) ו-GA האופציונלי
שורת הערות הייתה קיימת. אם החתכים הללו אינם מוגדרים בקובץ HMM, --cut_ga
לא עובד.

--cut_tc
השתמש בחיתוך ניקוד של Pfam TC (Trusted Cutoff). שווה ערך ל --globT --domT
, אבל החתכים TC2 ו-TC1 נקראים מקובץ HMM. hmm2build שם את אלה
חיתוכים שם אם קובץ היישור היה מוער ביישור ידידותי ל-Pfam
פורמט (פורמט SELEX מורחב או שטוקהולם) ושורת ההערה האופציונלית של TC הייתה
מתנה. אם החתכים הללו אינם מוגדרים בקובץ HMM, --cut_tc לא עובד.

--cut_nc
השתמש בחיתוך ניקוד של Pfam NC (Noise Cutoff). שווה ערך ל --globT --domT ,
אבל החתכים NC1 ו-NC2 נקראים מקובץ HMM. hmm2build שם את אלה
חיתוכים שם אם קובץ היישור היה מוער ביישור ידידותי ל-Pfam
פורמט (פורמט SELEX מורחב או שטוקהולם) ושורת ההערה האופציונלית NC הייתה
מתנה. אם החתכים הללו אינם מוגדרים בקובץ HMM, --cut_nc לא עובד.

--domE
הגדר את סף הערך האלקטרוני עבור רשימת ההתאמות המדורגת לכל דומיין ל , איפה הוא
מספר אמיתי חיובי. ברירת המחדל היא אינסוף; כברירת מחדל, כל הדומיינים ב-
רצפים שעברו את הסף הראשון ידווחו ברשימה השנייה, אז
שמספר הדומיינים המדווחים ברשימה לפי רצף תואם את
מספר המופיע ברשימה לכל דומיין.

--domT
הגדר את סף ניקוד ה-bit עבור רשימת ההיטים המדורגת לכל דומיין ל , איפה הוא
מספר ממשי. ברירת המחדל היא אינסוף שלילי; כברירת מחדל, כל הדומיינים ב-
רצפים שעברו את הסף הראשון ידווחו ברשימה השנייה, אז
שמספר הדומיינים המדווחים ברשימה לפי רצף תואם את
מספר המופיע ברשימה לכל דומיין. חָשׁוּב הערות: רק תחום אחד ב-a
רצף נשלט לחלוטין על ידי פרמטר זה, או על ידי --domT. השני ו
לתחומים הבאים ברצף יש סף ציון סיביות דה פקטו של 0 כי
של הפרטים כיצד HMMER עובד. HMMER דורש לפחות מעבר אחד דרך
דגם ראשי לכל רצף; לעשות יותר ממעבר אחד (יותר מדומיין אחד) את
יישור ריבוי דומיינים חייב להיות בעל ציון טוב יותר מאשר יישור דומיין בודד,
ומכאן שהתחומים הנוספים חייבים לתרום ציון חיובי. עיין במדריך למשתמש
לפרטים נוספים.

--קָדִימָה
השתמש באלגוריתם Forward במקום באלגוריתם Viterbi כדי לקבוע את הפר-
ציוני רצף. ציונים לדומיין עדיין נקבעים על ידי אלגוריתם Viterbi.
היו שטענו כי Forward הוא אלגוריתם רגיש יותר לזיהוי מרחוק
הומולוגיות רצף; עם זאת, הניסויים שלי עם HMMER לא אישרו זאת.

--אינפורמט
טען כי הקלט קובץ seqfile הוא בפורמט ; אל תפעיל את פורמט Babelfish
זיהוי אוטומטי. זה מגביר במידת מה את האמינות של התוכנית, כי
Babelfish יכול לעשות טעויות; מומלץ במיוחד עבור ללא השגחה, גבוה-
ריצות תפוקה של HMMER. מחרוזות פורמט חוקיות כוללות את FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, STOCKHOLM, SELEX, MSF, CLUSTAL ו-PHYLIP. עיין במדריך למשתמש עבור א
רשימה מלאה.

--null2
כבה את מודל האפס השני של פוסט הוק. כברירת מחדל, כל יישור נמדד מחדש על ידי
שלב שלאחר עיבוד שלוקח בחשבון קומפוזיציה מוטה אפשרית בשניהם
ה-HMM או רצף היעד. זה כמעט חיוני בחיפושים במסד נתונים,
במיוחד עם מודלים יישור מקומיים. יש סיכוי קטן מאוד שזה
עיבוד שלאחר עשוי להסיר התאמות אמיתיות, ובמקרים אלה --null2 עשוי להשתפר
רגישות על חשבון הפחתת הספציפיות על ידי מתן הרכב מוטה
חודר.

--pvm הפעל על מכונה וירטואלית מקבילה (PVM). ה-PVM חייב כבר לפעול. ה
תוכנית לקוח hmm2search-pvm חייב להיות מותקן בכל צמתי ה-PVM. PVM אופציונלי
התמיכה חייבת להיות מורכבת לתוך HMMER.

--xnu הפעל סינון XNU של רצפי חלבון יעד. אין השפעה על חומצת גרעין
רצפים. בניסויי ניסוי, --xnu נראה שהוא מתפקד פחות טוב מה-
ברירת המחדל של מודל פוסט הוק null2.

השתמש ב-hmm2search באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net